| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,635,825 | Δ1 bp | 2.8% | coding (304/474 nt) | creA → | putative periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,635,825 | 0 | G | . | 2.8% | 495.4 / 5.4 | 142 | coding (304/474 nt) | creA | putative periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (70/66); new base . (2/2); total (74/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGA‑TGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTCGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCTCAGGGCGAGGTAGTATTCAAAAAACGCACGTCCCTGGTCTTTAAGTCGTTACAGGTCGTGCGCTTTTATGATGCCAAACGCAACGCGCTCGCTTATCTGGCTTACTCCGACAAAGTTGTAGAAGGTTCGCCGAAAAACGCGATTAGCGCGGTTCCTGTCATGCCGTGGCGGCAATAACAGAGGCGATTTATGCAACGGGAAACGGTCTGGTTAGT‑GGAAGATGAGCAAGGGATAGCCGACACGCTGGTCTACATGTTGCAGCAGGAAGGTTTTGCCGTCGAGGTCTTTGAGCG > NC_000913/4635545‑4636111 | gTCTTTAAGCCTGATAATGCTGGGGCCATTGGCTCATGCAGAAGAGATTGGTTCGGTCGACACCGTATTTAAAATGATCGGCCCGGATCACAAAATTGTTGTGGAAGCCTTTGA‑TGATCCCGATGTGAAAAATGTCACCTGTTATGTGAGCCGGGCGAAAACCGGTGGTATTAAAGGGGGATTGGGTCTGGCGGAAGATACCTCCGATGCGGCCATTTCTTGTCAGCAAGTCGGGCCGATTGAACTGTAGGATCGTATTAAAAACGGCAAAGCGCAGGGCGAGgtagta > 2:666551/1‑289 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |