| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,133,164:1 | +G | 3.2% | coding (234/840 nt) | wcaA ← | putative glycosyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,133,162 | 1 | . | G | 3.2% | 521.4 / 8.9 | 124 | coding (236/840 nt) | wcaA | putative glycosyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (58/62); new base G (2/2); total (60/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ACACTCTTTGAAACGCCATGCCCAGGTAAAGACCTGGTTGCCAATGATATTGCGTTTGTAGAACAGGCGGCGTGAATACGGCGATTTGGGATACAGCGGCAAGCTTGCCGGTTGGGAATAGACTTCGCCCTGGCAAACGTAGTCGTTAGCGTACAAAAAGGCGTGTGTGACCAGTTGCTGTTTATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCT‑GGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTGGAGCAATCATCCACGATGATCATCTCCCAGTTGCTGTAGTCCTGGCGCAAAACCGATTTTATTGCCCGAATCGCCAGTTGTTGGCGGTTCCAGGTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTTTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGA > NC_000913/2132888‑2133447 | acacTCTTTGAAACGCCATGCCCAGGTAAAGACCTGGTTGCCAATGATATTGCGTTTGTAGAACAGGCGGCGTGAATACGGCGATTTGGGATGCAGCGGCAAGCTTGCCGGTTGGGAATAGACTTCGCCCTGGCAAACGTAGTCGTTAGCGTACAAAAAGGCGTGTGTGACCAGTTGAGGGTTATGGGCGAGGAAGAAGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCAGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCCTACGCGCCT‑GGTTACCTAcgcg > 2:917427/1‑285 (MQ=255) 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gCCT‑GGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTGGAGCAATCATCCACGATGATCATCTCCCAGTTGCTGTAGTCCTGGCGCAAAACCGATTTTATTGCCCGAATCGCCAGTTGTTGGCGGTTCCAGGTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTTTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGa < 2:531177/289‑1 (MQ=255) | ACACTCTTTGAAACGCCATGCCCAGGTAAAGACCTGGTTGCCAATGATATTGCGTTTGTAGAACAGGCGGCGTGAATACGGCGATTTGGGATACAGCGGCAAGCTTGCCGGTTGGGAATAGACTTCGCCCTGGCAAACGTAGTCGTTAGCGTACAAAAAGGCGTGTGTGACCAGTTGCTGTTTATGGGCGAGGAAGACGCTCAGACGGTTGGGTGTCCATTCGTCATCGTCATCAATCCCGGTGATATATTCCCCTTGCGCCAGCATAATCGCCT‑GGTTACGTACCGCGCACGCCCCGCTGTTAATGTCGTTGTGAATGTAAGTGATACGCGGATCGTTGAGGGCGGTGACGTACTGTTGCAGTTGTTCCCAGGAGGTGGAGCAATCATCCACGATGATCATCTCCCAGTTGCTGTAGTCCTGGCGCAAAACCGATTTTATTGCCCGAATCGCCAGTTGTTGGCGGTTCCAGGTCGGCATATAGATTGAGATCAGCGGATTGTTTTTCATAGGTTGTTCTCCCGGCTTATGAGCTGGTTTGCTTGCCGGATGCGGCGTGA > NC_000913/2132888‑2133447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |