| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 391708 = | NA (NA) | 3 (0.020) +GTGCC |
3/500 | NT | NA | pseudogene (1458/1458 nt) | yaiT | pseudogene, autotransporter family,putative structure, Not classified, interrupted by IS3, putative flagellin structural protein |
| ? | NC_000913 | = 392963 | NA (NA) | intergenic (‑62/‑7) | insE1/yaiT | IS3 transposase A/pseudogene, autotransporter family,putative structure, Not classified, interrupted by IS3, putative flagellin structural protein | |||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CTGGAAACGTGTTGTTGATGACAAGGTCTTCCAGAGCGGTGTATTTAACGTAGCGTTGAATAACGGTTCTGAATGGGATACTACAGGTCGTTCCATCGTTGATACCTTGACAGTTAATAATGGTTCTCAGGTTAATGTTTCGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCGTTGCCCGCATTATTTCCCGGCTGATAAAGTGTTCTCCATGGATACATTCCACTTTCAGCGAATGAAAGAAGCTTTCCACGCAGGCATTATCGTAGCAGCAACCTTTTGCGCTCATACTTCCACGCAGATTATGCCGCTTCAGTTGCGCCTGATAA > NC_000913/391420‑391994 | cTGGAAACTGGTTGTTGATGACAAGGTCTTCCAGGGCGGTGTATTTAACGTAGCGTTGAATAACGGTTCTGAATGGGATACTACAGGTCGTTCCATCGTTGATACCTTGACAGTTAATAATGGTTCTCAGGTTAATGTTTCGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCtgat < 2:1150604/289‑1 (MQ=255) aaCGTGTTGTTGATGACAAGGTCTTCCAGAGCGGTGTATTTAACGTAGCGTTGAATAACGGTTCTGAATGGGATACTACAGGTCGTTCCATCGTTGATACCTTGACAGTTAATAATGGTTCTCAGGTTAATGTTTCGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGCACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCtgattgat > 1:644452/1‑288 (MQ=255) tgttgATGACAAGGTCTTCCAGAGCGGTGTATTTAACGTAGCGTTGAATAACGGTTCTGAATGGGATACTACAGGTCGTTCCATCGTTGATACCTTGACAGTTAATAATGGTTCTCAGGTTAATGTTTCGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTAccc < 1:204478/288‑1 (MQ=255) gttgATGACAAGGTCTTCCAGAGCGGTGTATTTAACGTAGCGTTGAATAACGGTTCTGAATGGGATACTACAGGTCGTTCCATCGTTGATACCTTGACAGTTAATAATGGTTCTCCGGTTAATGTTTCGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTTACCGAATCTTCTGGGTGGGGTGCTTATTGATCCTAc > 2:766964/1‑285 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |