New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3312740 = | 149 (1.170) | 3 (0.020) | 3/500 | NT | 2.1% | coding (36/945 nt) | truB | tRNA pseudouridine synthase B: tRNA pseudouridine(55) synthase and putative tmRNA pseudouridine(342) synthase |
? | NC_000913 | 3312985 = | 132 (1.050) | coding (192/402 nt) | rbfA | 30s ribosome binding factor | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
CTGCTCTGCGCTAAAGGTTACCGGACGTTCTTCAACGATCTGTCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTAGAAGAAGGTCAGTTCCGGCACGATACGCAGGCGCATCGCTTTCCCCAGCAGGCTGCGGATGAAACCAGAAGCTTCTTGCAACGCTTTGATGCCCGCTTTAACCGCGTCTTCATCTTTGTCGTTGAGGAACGTCACATATACTT > NC_000913/3312455‑3313025 | gcgcgtcttatcaggtcaacgtgaacagcccttccacctgaaattaattttaaaaaggggctaacagccccttttttgtcaggagaatttattatggcgaaagaatttggtcgcccgcagcgcgtagcgcaggaaatgcaaaaagagatcgctctcatcctgcagcgtgaaattaaagatcctcgcctgggcatgatgaccaccgtttccggtgtcgaaatgtctcgcgacctggcgtatgccaaagtatatgtgacgttcctcaacgacaaagatgaagacgcgGTTa < 1:218341‑M1/4‑1 (MQ=255) gcgcgtcttatcaggtcaacgtgaacagcccttccacctgaaattaattttaaaaaggggctaacagccccttttttgtcaggagaatttattatggcgaaagaattcggtcgcccgcagcgcgtagcgcaggaaatgcaaaaagagatcgctctcatcctgcagcgtgaaattaaagatcctcgcctgggcatgatgaccaccgtttccggtgtcgaaatgtctcgcgacctggcgtatgccaaagtatatgtgacgttcctcaacgacaaagattaagacgcgGTTa < 1:1041611‑M1/4‑1 (MQ=255) gcTAAAGGTTGCCGGACGTTCTTCAACTATCTGTCCGGCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGGCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCGAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTcgcg < 1:865375/288‑1 (MQ=255) gcTAAAGGTTACCGGACGTTCTTCAACGATCTGTCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACCTACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTcgcg > 2:125111/1‑288 (MQ=255) aaGGTTACCGGACGTTCTTCAACTATGTGTCCGTCGGCATCAGAATTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGGCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGTGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTcgcgaccgc < 2:697070/289‑1 (MQ=255) tACCGGACGTTCTTCAACGATCTGTCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCTGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCCCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCTCGCCACAAACCGCCGTTAATTTCGCGCCCGcgacg > 2:689545/1‑288 (MQ=255) aCCGGACGTTCTTCAACGATCTGTCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGcgacgac < 1:112893/289‑1 (MQ=255) ccGGACGTTCTTCAACGATCTGTCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGcgacgacg > 2:383253/1‑289 (MQ=255) cGTTCTTCAACGATCTGTCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCTATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGga < 2:571148/288‑1 (MQ=255) cGTTCTTCAACGATCTGTCCGTCGGCATCAGAAGTAACGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCATCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGga < 1:72314/288‑1 (MQ=255) 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tCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTcctcct > 1:859506/1‑289 (MQ=255) tCCGTCGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGCTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACCCATTAGTcctcct > 1:317003/1‑289 (MQ=255) cGGCATCAGAAGTATCGGTACGCTGTCCAAGACGCGCAATGACCCGATAGCGTTTGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCtt > 2:1014223/1‑285 (MQ=255) 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ggttGTCGGAGTCCAGCAGATACTGGGAAAACTTCGTCGCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCCACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCAc < 1:543188/286‑1 (MQ=255) ggttGTCGGAGTCCAGCAGATACGGGGAAACCTCCGTCTCGTCCCCGGGGAAAACCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCAc < 2:317003/286‑1 (MQ=255) gattGTCGCAGTCCAGCACATACTGGTAAAACTTCGTCCCTTCCCGGCGGCAAAGCGGGAACATGCCGGCCGCCGGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCTGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCAc < 1:689545/286‑1 (MQ=255) 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gtcgCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGtt > 2:901673/1‑289 (MQ=255) cgCTTCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGCGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGGACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCGTGTTTGACCACGCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAAAGAGTTg < 1:25677/288‑1 (MQ=255) tCCCCGAGGCAAATCGGCAACATGCCGGTCGCCAGCGGGTCCAGCGCACCGGTATGCCCGGCACGGTTGGCGTTATATATACGTTTCACTTTTTGCAGAGCATCGTTGCTGGACATACCCTGAGGTTTATCCAGCAACAAAACGCCGTTAATGTCGCGACCGCGACGACGAGTACGACTCATTAGTCCTCCTTGCTGTCGTCCGGGTTAACACGACGTTCTTCGTCATGTTTGACCACTCTGGTCACCAGGTTTGACATGCGCATCCCTTCAACCAGAGAGTTGTCGTa > 1:628298/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |