New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4319452 = | 150 (1.170) | 3 (0.020) | 3/490 | NT | 2.8% | coding (156/846 nt) | phnJ | carbon‑phosphorus lyase, SAM‑dependent |
? | NC_000913 | 4320123 = | 66 (0.540) | coding (542/1065 nt) | phnI | ribophosphonate triphosphate synthase complex putative catalytic subunit |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CCAGCGCGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGCGTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGTAGCTCCAGTTCGGCCTGGAAATCGACGTAGTGGGGGAGTTTGAGGTGTGAGACAAAGCCTGCGGCTTCGACGTTGTCGGCATGTGCCAGCACGAAC > NC_000913/4319166‑4319732 | aggttgtgggtaacggggccgttctcaaccaccgggattcggctcgaactccgtacctccgccgtttataaagacattcccggcggccagcttcttggcccaaccgacgactacacccatcgcctgctcgattttaccctgctggcaaacggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccg > 2:446432‑M1/285‑288 (MQ=255) gcgcGTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATACTTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTTACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCACGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCACTCACCTTCAGCCCGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGAGGTAAGCTGACTgcct > 2:1107321/1‑286 (MQ=255) agctggcggtaagcgagccgctcgacaccaccgggatgcgtctcgaacgccgtatctccgccgtttataaagacattcccggcggccagctgcttggcccaacctacgactacacccttcgcctgctcgattttaccctgctggcaaccggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccgc > 1:1128980‑M1/284‑288 (MQ=255) agctggcggtaagcgagccgctcgacaccaccgggatgcgtctcgaacgccgtatctccgccgtttataaagacattcccggcggccagctgcttggcccaacctacgactacacccatcgcctgctcgattttaccctgctggcaaacggcgaagcgccgacgctgaccaccgccgacagcgaacagcagccgtcgccgcacgttttcagcctgctggcgcgtcaggggctggcgaagtttgaagaggatagcggcgcacagccggatgacatcacccgcacgccgc > 1:466395‑M1/284‑288 (MQ=255) gcgTGCATGGGGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATgccgcc < 1:1104896/287‑1 (MQ=255) cgTGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCCCCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGATGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCATCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCACTCACGCTGGCGGTACGCTGACTGCCGCCgg > 2:231761/1‑288 (MQ=255) tGCATGGTGCGGGTTTCCGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCAGCCGGtt > 1:111234/1‑288 (MQ=255) aTGTTGGGGGTTGCCGTTGCGCGCGGAACTAGAAAGCGCGGCGGATCGGGGATTGGCACATGTAAGATTATGATTTGGTCTTGGGTCAGCGGAGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTTTGAATAACCTGCGCATGGTCGGTACGTTCCGGGGTGTTTACCCCGGTCACTCGCTGGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGGTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTccc < 2:859024/288‑1 (MQ=255) cGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTAcggcctc > 2:76805/1‑289 (MQ=255) cGTTTCGCGCGGCTCGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCCTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCCGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTCcggcct > 2:564775/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |