| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 701,554 | A→G | 5.2% | L14P (CTC→CCC) | nagC ← | N‑acetylglucosamine‑inducible nag divergent operon transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 701,554 | 0 | A | G | 5.2% | 470.6 / 3.8 | 152 | L14P (CTC→CCC) | nagC | N‑acetylglucosamine‑inducible nag divergent operon transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/79); new base G (6/5); total (67/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
AGCACTTTGCTGCTGAGATCAAACAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGGCCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACGAGATCAACATTACCTATCTGAGCTTGTCCGCCTGGTGTCATACTTTCTCTTATTGAGTTACGACCTCGTTACCGTTAACGATGGTCTTGGTGATTTTAAAATCAGGTGTGAATGCAGTCAGGTTGGCTACTTTACCTGCGGCGAGTGTGCCGAGACGTTTCTCAACGCCAATCGCACGCGCCGGATAGAGCGTCGCCATACGTAGCACTTCATCCAGTGCGATACCGCAATGTTCGACCAGATTACGCACGCCTTCAATCATGGTTAAGGATGAACCGCTTAACGTA > NC_000913/701266‑701840 | aCTTTTCTGCTGAGATCAAGCAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGGTTGCGTGGCAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGTGGCCCCCGGTGTAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACgag < 1:1156297/287‑1 (MQ=255) gctgctGAGATCAAACAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGGCCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACGAGATCAACa > 1:604173/1‑289 (MQ=255) gtaagattCAAACAGAGGGATGGGGGCGTAATGAGGACCAAGCCGTACGCCGAGTGCGTGGAAATGGCGGGTTTCGGTGACGATGAAGATAGCGCGGCGGCCCCCGGTGGAGGCCTGCTGGTCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACGAGATCAACAtt < 2:368989/281‑1 (MQ=255) gctgAGATCAAACAGAGTGATGGTGGCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGCGGCCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACGAGATCAACATTa < 2:743877/289‑1 (MQ=255) 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gCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGTGGCCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCCGTACTGGTTAATAAGGCGATTAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGTTTTACGAGATCAACATTACCTATCTGAGGTTTTCCGCATGgtg > 1:96875/1‑289 (MQ=255) gCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGTGGCCCCCGGTGGAGGCCTGCTGATCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATTTTGGTTACGCTGGCGGGGGCAAGCTGGCTTTGCTCGGCAATCTGAATCCGCGAGATTGGCCAGTACTGGTCAATCAGGCGATAAACCGCCGCGCTGTTAAGCTGGTTTACGAGATCAACATTACCTATCTGAGCTTGTCCGCCTGgtg > 1:923820/1‑289 (MQ=255) gCGTCATGACGACCAAGCCGTACGCCGATTGCGTGGAAATTGCGGGTTTCGGTGACGATGGAGATAGCGCGGTGGCCCCCGGTGGAGGCCTGCTGACCAACTTCTTTGATCAGCCCGCGTTCGATAAGCTGACGCGTAATCTTGGTTTTGCTGGCGGGGGCAAGCCTGCTTTGCTCGGCAACCCGAATCCGCGCGATTGGCCCGCACTGGCTCATCAGGCGATAAACCGCCCCGCTGTTAAGCTGTTTTCCGAGATCAACATTACCTCCCTTAGCTTGTCCGCCTGgtg > 2:20258/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |