| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 165,960 | C→T | 3.2% | Q411* (CAG→TAG) | mrcB → | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 165,960 | 0 | C | T | 3.2% | 415.7 / 2.7 | 125 | Q411* (CAG→TAG) | mrcB | fused glycosyl transferase and transpeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (63/58); new base T (2/2); total (65/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CTCGGTCAGAGCGGCGACAACGAAATCCGCGGCTTCCCGCTGGCAAGCTTGTATTACTTTGGTCGCCCGGTAGAAGAGCTAAGCCTCGACCAGCAGGCGCTGTTAGTCGGTATGGTGAAAGGGGCGTCCATCTACAACCCGTGGCGTAACCCAAAACTGGCGCTGGAGCGACGTAATCTGGTGCTGCGTCTGCTGCAACAGCAACAGATTATTGATCAAGAACTCTATGACATGTTGAGTGCCCGTCCGCTGGGGGTTCAGCCGCGCGGTGGGGTGATCTCTCCTCAGCCAGCCTTTATGCAACTGGTGCGTCAGGAGCTGCAGGCAAAACTGGGCGATAAGGTAAAAGATCTCTCCGGCGTGAAGATCTTCACTACCTTTGACTCGGTGG‑CCCAGGACGCGGCAGAAAAAGCCGCCGTGGAAGGCATTCCGGCACTGAAGAAACAGCGTAAGTTGAGCGATCTTGAAACTGCGATTGTGGTCGTCGACCGCTTTAGTGGTGAAGTTCGTGCGATGGTCGGAGGTTCTGAGCCGCAGTTTGCGGGCTACAACCGTGCGATGCAGGCGCGTCG > NC_000913/165675‑166246 | ctcGGGCATAGCGGCCTGAGCGGATTCCGCGGCTTCCCGCTGGCAAGCTGGTAGTCCTTTGGTTGCCCGGTAGAAGAGCTAAGCCTCGGCCAGCAGGACCGTTTAGTCGGTATGGTGAAAGAGGCGTCCATCTACAACCCGTGGAGTAACCCGAAACTGGCGCTTGAGCGACGTAATCTGGTGCTGCGTCTGCTGCAACAGCAACAGATTATTGATCAAGAACTCTATGACATGTTGAGTGCCCGTCCGCTGGGGGTTCAGCCGCGCGGTGGGGTGATCTCTCCTcagc < 2:1155127/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |