Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 2,304,535 | A→G | 6.9% | intergenic (+144/+571) | eco → / ← mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,304,535 | 0 | A | G | 6.9% | 261.3 / 4.9 | 96 | intergenic (+144/+571) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/38); new base G (3/4); total (54/42) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
CACCGCGTATCTGGGCGATGCTGGAATGCTGCGTTACAACAGCAAGCTGCCGATCGTGGTGTAT‑ACGCCAGACAATGTAGATGTGAAGTACCGCGTCTGGAAGGCGGAAGAGAAAAT‑TGACAACGC‑GGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGG‑TCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCTAACGCCCAAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTTGGATAAGGCGGTTACGCCGCATCCGACATCCAACGTCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGAC > NC_000913/2304253‑2304819 | caccgggttgatgtgggATGCTCGGAGGCGGCGTTACAACATCAAGCTGCCGATCG‑GGAGTTTGACACCAGACAATGGATACGGGAAGCACCGCACATGGAAGGGGGAAGAAAAAAC‑TGACAACGC‑GGTAGTTGTGTCAACTGCCATGAAGTGCGGCACACCGTAGGTCAGACAAAGCGGTCACGCCTCATCCTACATACAACGCCCGAGCCTGTTGCCTGATGCGACGCTGACGCGTTTTAGCAGGCCTACACGGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACaa < 2:43256/272‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |