| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,283,001 | G→A | 3.1% | P25L (CCA→CTA) | yjcF ← | pentapeptide repeats protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,283,001 | 0 | G | A | 3.1% | 432.0 / 2.4 | 127 | P25L (CCA→CTA) | yjcF | pentapeptide repeats protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (63/60); new base A (2/2); total (65/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
CACTTCCTTATCTTTATTAAGGTAAACTCTTCTCGTAATTCTATCGTCACATTTATTATTTGCATGTGAAGCTATATCTATAAAATATTTATGTATTTTCCTGTCCGTTTCTTTCGTGATTTTTCCTGATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACTTGTGACAGAGTGGTTATCGTTAATCAGGCAAAGAGGGAAAAACATATTATTTAAACCATTATAGCGCATAAAATATCCTTATAATTAACAAGAAAGAAAAGGCATATTCTCTGCATTATCATTTTCTACGACTGTCAAAAATCGCTCATTTTTTAATGAGTTTATTTGTTTAATATTATGGGAAAAGGTGATGCATTTGGGAGAGGAAGAGTATTCCCCGGTCAGACGACCGGGGAAGGGGAGAGATTAATGCGCGCGGCCTTGCTCAACGCCAAAGC > NC_000913/4282718‑4283283 | cacTTCCTTATCTTTATTAAGGTAAACTCTTCTCGTAATTCTATCGTCACATTTATTATTTGCATGTGAAGCTATATCTATAAAATATTTATGTATTTTCCTGTCCGTTTCTTTCGTGATTTTTCCTGATGGTAAACTATCATAAATTCTTTTCATTTTCTGAATCAAGCCTATCACTTTTTCATGATCATCCATTTTGAAAAGAGAGAGGGCTTTATTGTCAATTAACGTGTTTTTATGATGTTTGCTGTAATTATCTGATTTTGTTTTCTTTGTATGTGATGGACtt > 1:495547/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |