Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 3,006,180 | Δ1 bp | 2.6% | intergenic (‑396/‑80) | ygeV ← / → ygeW | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator/putative carbamoyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,006,180 | 0 | A | . | 2.6% | 568.6 / 4.4 | 153 | intergenic (‑396/‑80) | ygeV/ygeW | putative sigma‑54‑interacting transcriptional activator/putative carbamoyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/67); new base . (2/2); total (84/69) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.02e-01 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
TTATCATTTTCTAATGAAATTATGGAAGAGATATCACATTTCTATATCAATATGAGAATTACGGCGGTGAGTTTATCAAACTGAAGAGAGATAGCCTGCCCCTTTATCTTATTTCTGATACTTAGCAGCAAATAAATAACGCGATAAAAAAAGCCAAACGTTTTCGTATTTTACAAACAACCAGAAGCTGGCATCAATTTGTGATCAACCCCACACATTATCCGTCAAATTAGTCTTTTGCAGCCGCGCGGATAATTCTGGCACACTTATTGTTAGTCCCAGGTATAGCTGTGAAAACACCAATCACTTTGGCAAGTCACAGTGAAATAAACCACTTTGCCTGTCATTCCACTACCGGGACTTTATGATGAAAACTGTTAATGAGCTGATTAAGGATATCAATTCGCTGACCTCTCACCTTCACGAGAAAGATTTTTTGTTAACGTGGGAACAGACGCCAGATGAACTGAAACAAGTACTGGACGTTGCCGCAGCATTAAAAGCACTGCGTGCTGAAAACATCTCAACCAAAGTCTTTAATAGTGGATTAGGTATTTCCGTATTCCGCGAC > NC_000913/3005896‑3006466 | ttATCATTTTCTAATGAAATTATGGAAGAGATATCACATTTCTATATCAATATGAGAATTACGGCGGTGAGTTTATCAAACTGAAGAGAGATAGCCTGCCCCTTTATCTTATTTCTGATACTTAGCAGCAAATAAATAACGCGATAAAAAAAGCCAAACGTTTTCGTATTTTACAAACAACCAGAAGCTGGCATCAATTTGTGATCAACCCCACACATTATCCGTCAAATTAGTCTTTTGCAGCCGCGCGGATAATTCTGGCACACTTATTGTTAGTCCCAGGTATAGc < 2:1253787/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |