| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 285,199 | Δ1 bp | 3.1% | intergenic (+31/‑196) | yagF → / → yagG | CP4‑6 prophage, dehydratase family protein/CP4‑6 prophage, putative sugar transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 285,199 | 0 | T | . | 3.1% | 464.9 / 5.2 | 129 | intergenic (+31/‑196) | yagF/yagG | CP4‑6 prophage, dehydratase family protein/CP4‑6 prophage, putative sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (50/75); new base . (2/2); total (52/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.03e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
GATCGTCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGACGGCTTTGTTGTTTTTGAAATTTATTAATTTAAACAATTAGTTGAGATATATCGTTGGCGTCACAAAAGCAAAATAACGTAATTCGGAAATAAGATATGACCATTGCTGGTTAATTGAATAGCTCATTACACTCCATTAACACGATGTTGTAATTCGGCACACTACATAAGGGTGTAATTCTGATGACGCAATTAACCATGAAAGACAAAATTGGCTACGGGCTGGGAGACACCGCCTGCGGCTTCGTCTGGCAGGCCACGATGTTCCTGCTGGCC > NC_000913/284914‑285487 | gATCGTCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATAtt > 1:1039225/1‑289 (MQ=255) tCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTccc > 1:1084546/1‑288 (MQ=255) tCTGACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCACGCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGGAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTccc > 1:598434/1‑288 (MQ=255) gACGTTAACTGGCAGCGTGAACTTCATCGGCACCGCGGACAACCCGCTGACGCCGGAAGAGGGCGCGCGCGAGCTGGCGCGGCGGCAGACGCACCCGGACCTGCA‑GCCCACGACTTTTTGCCGGACGACACCCGGCTGTGGGCGGCACTGCAGTCGGTGAGCGGCGGCACCTGGAAAGGCTGTATTTATGACACCGATAAAATTATCGAGGTAATTAACGCCGGTAAAAAAGCGCTCGGAATTTAATTATTTTAAGAGATAAAACCGTCTGCGGAATATTTCCCGCAGa < 1:17915/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |