New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 4262714 = | 185 (1.070) | 4 (0.020) | 3/486 | NT | 2.1% | intergenic (+9/‑125) | dusA/pspG | tRNA‑dihydrouridine synthase A/phage shock protein G |
? | NC_000913 | 4262858 = | 201 (1.210) | coding (20/243 nt) | pspG | phage shock protein G | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGATGATTAAGTTGCTGCCGTGGTTACTACTGGCGATTGCGGTGGTGTG‑GGTTATTAAGGCGATTAAAGCACCAAAAGTGCCGAAATATCAGCGTTATGACCGCTGGCGTTACTAAGGGATTGTGCGGATGATCACAACCTAAGGTTTTATCCTTAGAACAAAATAGGAATTGAT > NC_000913/4262571‑4263140 | cATATGTTGGGCTTGTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGACGGCGTTATTGAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGGGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTAGTGGCGGATACTCGTGAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTGACCCCGCCCTGCGCACCGTAGCGGGGCGTTTTACTGTTAAATAAATAGATTACTTTTGGAATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTtgtg > 2:245953/1‑289 (MQ=255) tatGTTGGGCTGGTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGAt < 2:203713/289‑1 (MQ=255) ggCTTGTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCttt > 1:1081304/1‑289 (MQ=255) ggCTTGTTCCAGGGTATTCCTGGCGAGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAGCTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACAACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATAAATAGATTATGTTTGGCATGATTGTTGTAATTCCAGCAAGAGATTTCATTTTTGGGAGAGCATGCTGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCttt > 1:1584630/1‑289 (MQ=255) gTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGt > 2:20684/1‑289 (MQ=255) gTTCCAGGGTATTCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCATTTTTGt < 1:3104/289‑1 (MQ=255) ttCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTg > 2:507689/1‑285 (MQ=255) ttCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATgg > 1:774948/1‑289 (MQ=255) tCCTGGCGCGCGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGt > 1:936039/1‑289 (MQ=255) gcgcgcGGCAGTGGCGGCGTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGATGGAACTACTTTGTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCg > 1:1266899/1‑289 (MQ=255) ggcgTTATTTAAGTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTg < 1:500775/288‑1 (MQ=255) gTGAAAATGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATcgcc > 2:1004206/1‑288 (MQ=255) aaTGCCCATAAAGCGGGTGCAGACATTAATGTGCTGGAACAAGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGACCTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATCGTCACCGGCGTTCCGTTGCTGGGCATTATCGCCGGGCTg > 2:18629/1‑289 (MQ=255) agaGCGGGTGCAGAGATTAATGGTCTCGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCg < 2:1037336/287‑1 (MQ=255) ggctGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGAAAAACGCTAACTTTTCACGAAAAAGTAGTCAATTTCACCACACCCTGCGAACCGTCCCGGGGCGTTTGTCAGTTTAATCAATAGATTATTTTTTGCATCATTCTTTTAATTCCCGCATGTGTTCTCATATTAGGGATAGCATCATGCTGGAACTACTTTATGTGATTGGCTTTTTTGTCATCCTGATGTTCATCGGCGTTACGTTGCTGGGCATTATGGCCGCTGTGTTGGTGGCCACgg > 2:1532795/4‑288 (MQ=255) ggTGCAGACATTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGcc > 1:149274/1‑289 (MQ=255) aTTAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGtt > 2:1358194/1‑288 (MQ=255) tAATGTGCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCt < 2:1081304/289‑1 (MQ=255) aaTGTGCTGGAACACGCGCTCAAAGTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCACAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGCTTGGATTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTTGTTGCTGGGCAGTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTGCTc > 1:978096/1‑289 (MQ=255) gtgCTGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTcggc < 1:1352906/289‑1 (MQ=255) tGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACgg < 1:1338323/268‑1 (MQ=255) tGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACgg > 1:539737/1‑268 (MQ=255) tGGAACACGCGCTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTa > 1:1271847/1‑289 (MQ=255) gcTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCAtt < 2:33408/289‑1 (MQ=255) gcTCAAACTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCAtt < 1:1004206/289‑1 (MQ=255) 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aaaCTGGTGGCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATtgatg > 2:1554472/1‑289 (MQ=255) gtggCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTGACGATTAAg > 1:214214/1‑289 (MQ=255) ggCGGATAAGCGTTAACTTTTCACCAAAAAGTAGTCAAATTCACCACGCCCTGCGCACCGTCGCGGGGCGTTTTGCTGTTAAATCAATAGATTATTTTTGGCATGATTCTTGTAATGCCAGCAAGAGATTTCATATTTGGGAGAGCATCATGCTGGAACTACTTTTTGTGATTGGCTTTTTTGTCATGCTGATGGTCACCGGCGTTTCGTTGCTGGGCATTATCGCCGCGCTGGTTGTGGCGACGGCCATTATGTTCCTCGGCGGTATGCTGGCATTgatgat > 1:1383067/1‑283 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |