| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,942,491 | G→A | 2.8% | R25R (CGC→CGT) | gcvA ← | glycine cleavage system transcriptional activator, autorepressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,942,491 | 0 | G | A | 2.8% | 467.2 / 2.3 | 143 | R25R (CGC→CGT) | gcvA | glycine cleavage system transcriptional activator, autorepressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (64/74); new base A (2/2); total (67/76) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
CGGATAAGCTGAATTAAAGCTGGAAAGTCGCGGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTG > NC_000913/2942203‑2942778 | cGGATAAGCTGAATTAAAGCTGGAAAGTCGCGGAACCAACCACTGAGGGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCACCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGTGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGCCAGCAGGAGTGAACGATTACAGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTTCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTgcg < 2:1071677/289‑1 (MQ=255) aaGCTGAATTAAAGCTGGAAAGTCGCGGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGt < 1:1265495/289‑1 (MQ=255) tGAATTAAAGCTGGAAAGTCGCGGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGGCAACGCCCCCTTGGCGCTCCGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCCTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGa < 2:1009871/287‑1 (MQ=255) aTTAAAGTTGGAAAGTCGCGGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACtt > 1:13623/1‑289 (MQ=255) ttAAAGCCGGAAAGTCGCGGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTa > 1:36286/1‑289 (MQ=255) aGCTGGAAAGTCGCGGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATg > 1:1138509/1‑289 (MQ=255) gAAAGTCGCGGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGt > 2:282728/1‑288 (MQ=255) gcgGAACCAACCAATGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCATTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCCAGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCACAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGAGGCTTGGGTCAACAAAAGCTCTTCTGCTGCGGGAGGGAAACTTAATTGGCGtgatggcgc > 2:1583820/1‑285 (MQ=255) ccaaccaaTGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCaaa < 1:264295/289‑1 (MQ=255) aaccaaTGAATGGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCaaaaa > 2:1276151/1‑289 (MQ=255) atgaatgGCGAAACTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGt < 1:1042985/289‑1 (MQ=255) tgaatgGGGAAACTGGGGAGTAAACGGACCGTCAACGCCCCCTTGGGGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTa < 2:13623/289‑1 (MQ=255) tgaatgGCGGAACTGGGGATTAACCTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGGGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCACAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGGGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTa < 2:884683/289‑1 (MQ=255) 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aaCTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCATCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAg < 2:842486/289‑1 (MQ=255) aCTGGGGAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGc < 2:1259249/289‑1 (MQ=255) aCTGGGAGGTAAACTTGCCGTTCCCACCCCCTTGACGCTACTGGCCTGGATTTTAGGCGTCTCTTCTGTTAATTGCGAAAATATCTTTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGAATACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAAGCCTCAAGAGACTTTATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTGACAAAAAGCGCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGc < 2:1038352/289‑1 (MQ=255) gAGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCggtgg < 1:1164221/288‑1 (MQ=255) aGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCggtggt < 2:693107/288‑1 (MQ=255) aGTAAACTGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCggtggt < 1:930698/288‑1 (MQ=255) 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tGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTTCGGCTTGGGGCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGAGGGCTGCGGCATCACAAACTCGTAAGGGCTTTAGCGGTGGTAATCGttt > 2:876906/1‑289 (MQ=255) tGACCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTACGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCGAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAGTGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTCAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGttt > 1:507754/1‑289 (MQ=255) aCCGTCAACGCCCCCTTGGCGCTCCGGGCCTGGAGTTTACGCGTCGCTTCGGTTAATTGCGAAAATATCTCTTTGATATCAAGGAAATAGCTTTGCCCTTCCTCGGTCAGCAGGAATGAACGATTACGGCGGCGGAACAGTTTTAGCCCCAAAAAATCCTAAAGAGACTTGATTTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACACAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTCATCGTTTAg > 2:1597190/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |