| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,233,187 | G→T | 9.6% | D509Y (GAT→TAT) | fadH → | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase, NADH and FMN‑linked |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,233,187 | 0 | G | T | 9.6% | 477.2 / 4.4 | 162 | D509Y (GAT→TAT) | fadH | 2,4‑dienoyl‑CoA reductase, NADH and FMN‑linked |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (41/99); new base T (19/2); total (60/102) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.75e-08 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
CGCCAAACAGATCCCCGGCAAAGAGGAGTTTTACGAAACGCTGCGCTATTACCGCCGGATGATCGAAGTGACGGGCGTGACGCTAAAACTCAATCACACCGTGACGGCGGATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGAT‑T‑GGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAG‑AATATCGCCGGGTTCTGT‑AATGAATGGGGGATCGACAGTAG‑CCTACAACAGGCTGGTGGCTTAAGCCCGCAGGGAATGCAGATCCCCCGTAGCCCACGGCAGATTGTGATGCTCCAGCG‑CAAAGCCAGCAAACCAGGACAGGGGTTAGGCAAAACCACCGGCTGGATCCATCGCACCACCCTGCTCTCGCGGGGTGTGAAAATGATCCCAGGCGTAAGTTATCAGAAGATTGACGATGACGGGC > NC_000913/3232907‑3233475 | cGCCACACAGGTCCCCGGCAAAGGGGAGTTTTCCGAAACGCTGCGCTATTATCGCCGGCTGAGCGAATTGACGTGCGTGACGCTAAAGCTCAATCACCCCGTGACGGCGTATCAGTTACAGGCTTTCGAGGAAACGTTCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGACGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGAT‑G‑GGTTTTGATACGGCg < 2:1004876/289‑1 (MQ=255) 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tGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAAGCCACCAGCCAG‑AATATCGCCGGGTTCTGT‑AATGAATGGGGGATCGACAGTAG‑CCTACAACAGGCTGGTGGCTTAAGCCCGCAGGGAATGCAGATCCCCCGTAGCCCACGGCAGATTGTGATGCTCCAGCG‑CAAAGCCAGCAAACCAGGACAGGGGTTAGGCAAAACCACCGGCTGGATCCATCGCACCACCCTGCTCTCGCGGGGTGTGAAAATGATCCCAGGCGTAAGTTATCAGAAGATTGACGATGACggg < 1:553429/289‑1 (MQ=255) gATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAG‑AATATCGCCGGGTTCTGT‑AATGAATGGGGGATCGACAGTAG‑CCTACAACAGGCTGGTGGCTTAAGCCCGCAGGGAATGCAGATCCCCCGTAGCCCACGGCAGATTGTGATGCTACAGCG‑CACAGCCAGCAAACCAGGACAGGGGTTAGGCAAAACCAACGGCTGGATCCATCGCACCACCATGCCCTCGCGGGGTGTGCAAATGATCCCGGGCGTAAGTTACCAGAAGACTGACGATTAAGGGc > 2:620123/1‑289 (MQ=255) | CGCCAAACAGATCCCCGGCAAAGAGGAGTTTTACGAAACGCTGCGCTATTACCGCCGGATGATCGAAGTGACGGGCGTGACGCTAAAACTCAATCACACCGTGACGGCGGATCAGTTACAGGCTTTCGATGAAACGATCCTCGCCAGTGGGATCGTGCCGCGCACTCCGCCCATCGACGGGATCGATCATCCGAAGGTATTGAGTTATCTCGATGTACTGCGCGACAAAGCGCCGGTTGGCAACAAAGTTGCCATCATCGGTTGTGGCGGGAT‑T‑GGTTTTGATACGGCGATGTATTTAAGTCAGCCGGGCGAATCCACCAGCCAG‑AATATCGCCGGGTTCTGT‑AATGAATGGGGGATCGACAGTAG‑CCTACAACAGGCTGGTGGCTTAAGCCCGCAGGGAATGCAGATCCCCCGTAGCCCACGGCAGATTGTGATGCTCCAGCG‑CAAAGCCAGCAAACCAGGACAGGGGTTAGGCAAAACCACCGGCTGGATCCATCGCACCACCCTGCTCTCGCGGGGTGTGAAAATGATCCCAGGCGTAAGTTATCAGAAGATTGACGATGACGGGC > NC_000913/3232907‑3233475 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |