| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,495,036 | C→A | 4.1% | A343E (GCA→GAA) | nirB → | nitrite reductase, large subunit, NAD(P)H‑binding |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,495,036 | 0 | C | A | 4.1% | 755.7 / 2.1 | 246 | A343E (GCA→GAA) | nirB | nitrite reductase, large subunit, NAD(P)H‑binding |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/107); new base A (2/12); total (126/120) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TAAGCTGGCAACCCAGTGTGGTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATTGTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTG‑TATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCTGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTAGCTACGTTTACCTCGACGAAAGTAAAGAGATCTACAAACGCCTGATTGTCAGCGAAGACAACAAAACCCTGCTCGGTGCGGTACTGGTGGGCGATACCAGCGACTACGGTAACCTGCTGCAACTGGTGCTGAACGCTATCGAACTGCCGGAAAACCCGGATTCCCTGATCCTGCCAGCACACTCGGGTAGCGGCAAGCCGTCTATCGGTGTTGATAAACTGCCGGACAGCGCGCAAATCTGCTCCTGCTTCGACGTCACCAAAGGTGATCTGATTGCTGCCA > NC_000913/3494749‑3495323 | tGGCAACCCAGTGTGGTCTGGACGTTGCTCCGCGTGGGGGTATTGTCATTAATGATTCCTGCCAGACTTCCGATCCGGATATCTACGCCATCGGTGAATGCGCAAGCTGGAACAACCGTG‑TATTTGGTCTGGTAGCACCTGGCTACAAAATGGCGCAGGTCGCCGTTGACCATATTCTCGGTAGCGAAAACGCCTTTGAAGGTGCAGACCTTAGCGCCAAGCTGAAACTGCTGGGCGTAGACGTAGGCGGTATTGGTGATGCGCACGGTCGCACGCCTGGCGCACGTa < 1:1386670/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |