Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,138,182:1 | +G | 3.1% | coding (281/1584 nt) | yegH → | inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,138,180 | 1 | . | G | 3.1% | 561.0 / 10.4 | 131 | coding (279/1584 nt) | yegH | inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (65/62); new base G (2/2); total (67/64) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTC > NC_000913/2137892‑2138463 | tGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAACAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTtggt > 2:521456/1‑289 (MQ=255) cttactATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGtt < 2:463422/289‑1 (MQ=255) cttactATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGtt < 1:389600/289‑1 (MQ=255) tactATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGCACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAACAACTAGCGCCGAAGCAGCGTGCCCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCCATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCACTCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGtt > 1:984441/1‑287 (MQ=255) actATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGTttct > 2:1190860/1‑289 (MQ=255) actATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGTttct > 1:670700/1‑289 (MQ=255) tATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGTttcttc < 2:697756/289‑1 (MQ=255) 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TGTACTTACTATGGAATGGATTGCCGATCCGTCTATCTGGGCCGGGTTAATCACGCTGATTGTGATCGAACTGGTCCTCGGCATTGATAACCTGGTCTTTATTGCCATCCTCGCCGAAAAACTACCGCCGAAGCAGCGTGACCGCGCACGGGTTACCGGGCTGCTGCTGGCAATGTTAATGCGCCTGTTACTGCTGGCGTCAATCTCCTGGCTGGTCACCCTGACTCAACCGCTGTTCAGCTTCCGCTCGTTTACCTTTAGCGCCCGCGACTTAATCATGCTGTTTGGT‑GGTTTCTTCCTGTTGTTCAAAGCCACGATGGAGCTGAACGAACGGCTGGAAGGGAAAGACAGCAATAATCCCACACAACGCAAAGGTGCGAAGTTCTGGGGCGTGGTGACGCAAATTGTGGTACTGGACGCCATTTTCTCACTCGACTCAGTGATTACCGCCGTCGGGATGGTCGACCATTTACTGGTCATGATGGCCGCCGTGGTTATCGCTATCAGCCTGATGTTGATGGCCAGCAAGCCGTTAACGCAATTTGTTAACAGTCACCCGACGATCGTTATTC > NC_000913/2137892‑2138463 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |