| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,158,171 | Δ1 bp | 3.9% | coding (303/1434 nt) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,171 | 0 | G | . | 3.9% | 351.6 / 6.8 | 103 | coding (303/1434 nt) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/53); new base . (2/2); total (48/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.84e-01 | |||||||||||
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
CAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATT > NC_000913/1157896‑1158459 | aaaaaGGTCGGTAGATGTCTGTTGCGGCCGATATCCGTACTGCCTATCTGAGGTATTCGTCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTGCAGCTGGCTGCCGTCCGTTATATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTGGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCATATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACctgctg < 1:367143/288‑1 (MQ=255) cGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAAt < 2:514591/288‑1 (MQ=255) tCGCTGATGCTGCCGGTAACCGTACTGCCTATCGCAGGTTTTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTa < 2:1084236/289‑1 (MQ=255) cGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTT‑AAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGCAATCGCCTCTaa > 2:79130/1‑288 (MQ=255) ccccGGTATCCGGCATGCGTATCGCAGGTATTCGGTTGGGCTTCGGTTCCGTGAATTTCAGCTGGCTACCCGCCTTTGTATCGGATGTTATGGCAAGAGCAGGCGGTTTCGTCTTTGCAAACAGGCCACGGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATTCGCGCTGGCCGAAGTTGTTGCCTGTGGCATCATGGTTTAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGc < 1:912818/287‑1 (MQ=255) tATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTT‑AAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGAt > 2:543109/1‑286 (MQ=255) cGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGc < 2:381279/289‑1 (MQ=255) cGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGc > 1:343972/1‑289 (MQ=255) gTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCg < 2:767258/289‑1 (MQ=255) gTACTGCCGTTCGCAGGTATTCTGCGGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCg < 1:1043065/289‑1 (MQ=255) 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ctaggatttCTGCGGGCCGTCGTGTCCCCAAATTTCTGCTGGCTGCCCGCCGGTGTATCGCATGTTATGGCAGAACCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGAGTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGa < 1:366575/282‑1 (MQ=255) aGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGAt < 2:945256/288‑1 (MQ=255) gTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTT‑AAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTa > 2:803863/1‑287 (MQ=255) 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ggTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGttt < 2:583648/289‑1 (MQ=255) gCATTTATCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCAtt > 2:10916/1‑289 (MQ=255) | CAAAAGGTCGGTAAATCGCTGATGCTGCCGGTATCCGTACTGCCTATCGCAGGTATTCTGCTGGGCGTCGGTTCCGCGAATTTCAGCTGGCTGCCCGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATT > NC_000913/1157896‑1158459 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |