| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,158,383 | G→A | 4.6% | W172* (TGG→TAG) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,383 | 0 | G | A | 4.6% | 358.3 / 3.4 | 111 | W172* (TGG→TAG) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/56); new base A (2/3); total (52/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGG‑TCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTG > NC_000913/1158098‑1158667 | tATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTgg > 1:1084038/1‑288 (MQ=255) ccGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGgccgcc > 2:291003/1‑289 (MQ=255) tGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTT‑AAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTgg < 2:208948/288‑1 (MQ=255) gCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCTCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCCTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGtt > 1:543913/1‑289 (MQ=255) 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catGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTTACATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTtctctc > 1:16421/1‑288 (MQ=255) catGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACT‑CATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCCCAGt > 1:744936/1‑289 (MQ=255) tGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCCGACCTTCTCTCAGTg > 2:1047863/1‑289 (MQ=255) 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tGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCa > 2:159826/1‑289 (MQ=255) tGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCa > 2:65492/1‑289 (MQ=255) gCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAg < 1:803863/288‑1 (MQ=255) 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aTTTAGCCGCCATTTTGTTCTGCAATCCATACCTTCTCTCAGGGGGCTGCTTACCCGAACCCGTTAGTTGCGTTTGGCCTTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGGACCGTTTGG‑TCTGCACCACATCTTGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAAGGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTg < 2:275473/289‑1 (MQ=255) | TATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCC‑GGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGG‑TCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGCCGCAATTG > NC_000913/1158098‑1158667 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |