| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,549,913 | T→A | 3.7% | I838N (ATC→AAC) | fdnG → | formate dehydrogenase‑N, alpha subunit, nitrate‑inducible |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,549,913 | 0 | T | A | 3.7% | 355.1 / 3.6 | 107 | I838N (ATC→AAC) | fdnG | formate dehydrogenase‑N, alpha subunit, nitrate‑inducible |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/50); new base A (2/2); total (55/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.41e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
TGGACAGAGCAGGGCAACCAGATGGCTAACCGCGATAACTCCGACCCGTCCGGTCTGGGGAATACGCTGGGATGGGCCTGGGCGTGGCCGCTCAACCGTCGCGTGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACGCGCTGCGGATGGGTAAAAA‑AGAGCAGTTCCCGTATGTGGGTACGACCTATCGTCTGACCGAGCAC‑TTCCACACCTGGACCAAGCACGCATTGCTCAACGCAATTGCTCAGCCGGAACAGTTTGTGGAAATCAGCGAAACGCTGGCGGCGGCGAAAGGCATTAAT > NC_000913/1549627‑1550199 | tGGACAGAGCAGGGCAACCAGATGGCTAACCGCGATAACTCCGACCCGTCCGGTCTGGGGAATACGCTGGGATGGGCCTGGGCGTGGCCGCTCAACCGTCGCGTGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATca > 2:765737/1‑289 (MQ=255) 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gTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACGCGCTGCGGATGGGTAAAAA‑AGAGCAGTTCCCGTATGTGGGTACGACCTATCGTCTGACCGAGCAC‑TTCCACACCTGGACCAAGCACGCATTGCTCAACGCAATTGCTCAGCCGGAACAGTTTGTGGAAATCAGCGAAACGCTGGCGGCGGCGAAAGGc < 1:23702/289‑1 (MQ=255) gTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACGCGCTGCGGATGGGTAAAAA‑AGAGCAGTTCCCGTATGTGGGTACGACCTATCGTCTGACCGAGCAC‑TTCCACACCTGGACCAAGCACGCATTGCTCAACGCAATTGCTCAGCCGGAACAGTTTGTGGAAATCAGCGAAACGCTGGCGGCGGCGAAAGGc < 1:70348/289‑1 (MQ=255) cATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACGCGCTGCGGATGGGTAAAAA‑AGAGCAGTTCCCGTATGTGGGTACGACCTATCGTCTGACCGAGCAC‑TTCCACACCTGGACCAAGCACGCATTGCTCAACGCAATTGCTCAGCCGGAACAGTTTGTGGAAATCAGCGAAACGCTGGCGGCGGCGAAAGGCATtaa < 1:250144/288‑1 (MQ=255) | TGGACAGAGCAGGGCAACCAGATGGCTAACCGCGATAACTCCGACCCGTCCGGTCTGGGGAATACGCTGGGATGGGCCTGGGCGTGGCCGCTCAACCGTCGCGTGCTGTACAACCGTGCTTCGGCGGATATCAACGGTAAACCGTGGGATCCGAAACGGATGCTGATCCAGTGGAACGGCAGCAAGTGGACGGGTAACGATATTCCTGACTTCGGCAATGCCGCACCGGGTACGCCAACCGGGCCGTTTATCATGCAGCCGGAAGGGATGGGACGCCTGTTTGCCATCAACAAAATGGCGGAAGGTCCGTTCCCGGAACACTACGAGCCGATTGAAACGCCGCTGGGCACTAACCCGCTGCATCCGAACGTGGTGTCTAACCCGGTTGTTCGTCTGTATGAACAAGACGCGCTGCGGATGGGTAAAAA‑AGAGCAGTTCCCGTATGTGGGTACGACCTATCGTCTGACCGAGCAC‑TTCCACACCTGGACCAAGCACGCATTGCTCAACGCAATTGCTCAGCCGGAACAGTTTGTGGAAATCAGCGAAACGCTGGCGGCGGCGAAAGGCATTAAT > NC_000913/1549627‑1550199 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |