| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 3,935,819 | Δ1 bp | 3.7% | coding (533/966 nt) | rbsC → | D‑ribose ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,935,819 | 0 | T | . | 3.7% | 370.8 / 4.2 | 108 | coding (533/966 nt) | rbsC | D‑ribose ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (44/60); new base . (2/2); total (46/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GACCGGCGCAGTTGCTGCATCTATCGTCGGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCTTCCTCGCGGCCTGGTACATGCTGCATCACACGCGTCTGGGGCGTTACATCTACGCGCTGGGCGGCAACGAAGCGGCAACGCGTCTTTCTGGTATCAACGTCAATAAAATCAAAATCATCGTCTATTCTCTTTGTGGTCTGCTGGCATCGCTGGCCGGGATCATTGAAGTGGCGCGTCTCTCCTCCGCACAACCCACGGCGGGGACTGGCTATGAGCTGGATGCTATTGCTGCGGTGGTTCTGGGCGGTACGAGTCTGGCGGGCGGAAAAGGTCG > NC_000913/3935532‑3936107 | gACCGGCGCCGTTGCTGCATCTATCGTCGGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGCTGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTGATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGTTATTTGTCGTCCGCTGGCCGTACCGACGCCAGTCTGGATc > 1:841054/1‑289 (MQ=255) cGGGGCAGTTGCTGCATCTATCGTCGGCATTGAAGTCCATGGGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCGATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCAt < 1:43200/288‑1 (MQ=255) cGGCGCAGTTGCTGCATCTATCGTCGGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCAt < 1:793404/288‑1 (MQ=255) gcATCTATCGTCGGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCtt > 2:431712/1‑287 (MQ=255) tCTATCGTCGGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCTTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCTTCCTcg < 2:56802/289‑1 (MQ=255) tCTATCGTCGGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCTTCCTcg < 2:64312/289‑1 (MQ=255) tcgtcgGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCTTCCTCGCGGc < 1:645613/289‑1 (MQ=255) tcgtcgGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCTTCCTCGCGGc < 2:95505/289‑1 (MQ=255) tcgtcgGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGAATGTCTTCCTCGCGGc < 2:429810/289‑1 (MQ=255) tcctcgGCATTGAAGTCAATGCGCTGGGTGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTGGGGGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCTTCCTCGCGGc < 1:697666/286‑1 (MQ=255) 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GACCGGCGCAGTTGCTGCATCTATCGTCGGCATTGAAGTCAATGCGCTGGTGGCTGTCGCTGCTGCTCTCGCGTTAGGTGCCGCAATTGGTGCGGTAACCGGGGTGATTGTAGCGAAAGGTCGCGTCCAGGCGTTTATCGCTACGCTGGTTATGATGCTTTTACTGCGCGGCGTGACCATGGTTTATACCAACGGTAGCCCAGTGAATACCGGCTTTACTGAGAACGCCGATCTGTTTGGCTGGTTTGGTATTGGTCGTCCGCTGGGCGTACCGACGCCAGTCTGGATCATGGGGATTGTCTTCCTCGCGGCCTGGTACATGCTGCATCACACGCGTCTGGGGCGTTACATCTACGCGCTGGGCGGCAACGAAGCGGCAACGCGTCTTTCTGGTATCAACGTCAATAAAATCAAAATCATCGTCTATTCTCTTTGTGGTCTGCTGGCATCGCTGGCCGGGATCATTGAAGTGGCGCGTCTCTCCTCCGCACAACCCACGGCGGGGACTGGCTATGAGCTGGATGCTATTGCTGCGGTGGTTCTGGGCGGTACGAGTCTGGCGGGCGGAAAAGGTCG > NC_000913/3935532‑3936107 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |