| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,158,377:1 | +A | 5.9% | coding (509/1434 nt) | ptsG → | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,377 | 1 | . | A | 5.9% | 465.1 / 25.3 | 119 | coding (509/1434 nt) | ptsG | fused glucose‑specific PTS enzymes: IIB component/IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (58/54); new base A (3/4); total (61/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
TATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGC > NC_000913/1158098‑1158659 | gatcgccgcTGTCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCGGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACAGGTTTAACCGGTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCGTCGCTTCTTTGCCGGTAACCGCTTTGTGACGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACGGGCGTTGTGCTGTCCTTACATTTGgc < 1:715718/283‑1 (MQ=255) cgcgCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGTCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGccgccg < 2:131674/289‑1 (MQ=255) cTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTg > 1:567042/1‑289 (MQ=255) gCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTg < 2:507849/289‑1 (MQ=255) tgCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATGTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCa < 1:361902/288‑1 (MQ=255) cTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGAcc < 1:906129/289‑1 (MQ=255) tATGGCATCATGGTTGAAACCATGGCCGGGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACGCCTGGCGGATACTAGCGTACTCGGGGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCTGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTTCCGGTAAACGCGTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCt < 2:975880/289‑1 (MQ=255) catGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTCCTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCTGAGGGATTATCCCCGGTTCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAATCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTCCCGGTCAACGCTTTGTTCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACCGGCGTTGTGCTGCCCTT‑CATTTGGCCTCCGATGGCTTCTGCATTCCAGACCTTCGCCCAg > 1:856431/1‑289 (MQ=255) tGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTg < 1:466800/289‑1 (MQ=255) ggttaaaCCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTggg < 2:483106/285‑1 (MQ=255) 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TATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAGCTGCCTGAGTATCTTGGCTTCTTTGCCGGTAAACGCTTTGTGCCGATCATTTCTGGCCTGGCTGCCATCTTTACTGGCGTTGTGCTGTCCTT‑CATTTGGCCGCCGATTGGTTCTGCAATCCAGACCTTCTCTCAGTGGGCTGCTTACCAGAACCCGGTAGTTGCGTTTGGCATTTACGGTTTCATCGAACGTTGCCTGGTACCGTTTGGTCTGCACCACATCTGGAACGTACCTTTCCAGATGCAGATTGGTGAATACACCAACGCAGCAGGTCAGGTTTTCCACGGCGACATTCCGCGTTATATGGCGGGTGACCCGACTGCGGGTAAACTGTCTGGTGGCTTCCTGTTCAAAATGTACGGTCTGCCAGCTGC > NC_000913/1158098‑1158659 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |