| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,665,957 | A→G | 5.4% | T215A (ACG→GCG) | clcB → | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,665,957 | 0 | A | G | 5.4% | 236.3 / 3.2 | 75 | T215A (ACG→GCG) | clcB | H(+)/Cl(‑) exchange transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/43); new base G (2/2); total (30/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.23e-01 | |||||||||||
CGCGAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTGGGTCTGCTTTCCCTGTTCACACCTGCAGTGTGGGGCAACGGCTATAGCACCGTACAATCCTTTTTAACCGCCCCACCACTGTTAATGATCATTGCCGGGATCTTCCTTTGTAA > NC_000913/1665669‑1666228 | cgcgAAGGTGCGATGATTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGa < 2:740303/289‑1 (MQ=255) tgatTCTTTTAGCTGCCCTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCg < 2:720291/289‑1 (MQ=255) tGCCCTTGCCGCCTCCTGGTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAAGTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTg < 1:229708/289‑1 (MQ=255) ggCCCTTGCAGCCTCCGGTGTTGCCCGACGTTTTACGCCAGGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTg < 2:73305/288‑1 (MQ=255) tcTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGTATGGCTGCGGCCTATCGTGCCACGCTTGCTGGCCGGTTATTTATAGCCTAAGTGCTTTTTGGCACTATGATGTTTGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCGATCTGATTCATCATAACGAAGAGTTACTCTACAACCTACAACTCCCCGTCACGGTTCATGCTCGTGACTATgccacgatt > 2:242097/2‑282 (MQ=255) ccTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGAtt < 1:593193/289‑1 (MQ=255) ccTTGCCGCCTCCTGTTTTGCCCAACGTTTTACGCCACGCCAGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGAtt < 2:766267/289‑1 (MQ=255) 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cacgccaGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGa < 2:691551/225‑1 (MQ=255) cacgccaGGAGTGGAAATTATGGATCGCCTGTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTAATCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATTAGTACAGGTGTTCTGGCAGGTATGTGCGGAc > 1:93838/1‑288 (MQ=255) ccgccaGGAGTGGAAATTATGGTTCGCCTTTGGGGCCGCGGCGGGAATGGCTGCGGCCTATCGTGCCCCGCTTGCTGGCAGTTTATTTATAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGAGTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCa < 2:737074/288‑1 (MQ=255) 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ttatttatAGCCGAAGTGCTGTTTGGCACGATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCTGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAgg < 1:683613/287‑1 (MQ=255) aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGCCGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTACCAGTTCACGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCCCTGTTGTTAACGTTCATGAACGCCCGTCATCGTTGATTTGTTAGTCTCCAACTTGCCCCGCCCCTGCACCTGTCACTAGGCGGGTTGATC‑GTtgg > 2:568299/1‑289 (MQ=255) aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGGCGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg > 2:567781/1‑289 (MQ=255) aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTTTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg > 1:2791/1‑289 (MQ=255) aaGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCCTCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAATCATAGCGACGCGTTACTCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACAACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCTCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg > 1:296371/1‑289 (MQ=255) aGTGCTGTTTGGCACTATGATGTTGGCATCTCTCGGCCCGGTGATTATTTCCGCCGTCGTGGCATTGCTGGTTAGCAATCTGATTAAGCATAACGACGCGTTAATCTACAACGTACAACTCTCAGTGACGGTTCAGGCTCGTGACTATGCGCTGATTATCAGTACAGGTGTGCTGGCAGGTCTGTGCGGACCACTGTTGTTAACGTTAATGAACGCCTGTCATCGTGGATTTGTGAGTCTCAAACTTGCGCCGCCCTGGCAACTGGCACTAGGCGGGTTGATC‑GTggg < 1:204666/288‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |