| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 635,282 | A→G | 6.3% | I32T (ATC→ACC) | ybdM ← | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 635,282 | 0 | A | G | 6.3% | 292.2 / 6.4 | 95 | I32T (ATC→ACC) | ybdM | Spo0J family protein, ParB‑like nuclease domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/44); new base G (4/2); total (49/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.62e-01 | |||||||||||
TCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCCGGCAAGCTGGCGAGAAATTGCGTTAAATCCTGCGTTAATCGTTGTTGCATAGTATCCCCCATTCCTGACGTTTTCCTTTTATCCGTTCGTTATAACGCTGATAGTTCTTCGATTTTGTGGGGCTAAATGATAATGCCCGACACCAGTAATCGTTATTGAGTAAAACTTTGCATATCCGCCGCCAGGAGGGGATATCTTTCGCGCCAATGTCCCCTTGCTGGGTTTGTGGAACCTCGATGCCTTTTTTCTGATACC > NC_000913/634995‑635569 | tCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGCGGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAATGGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATGTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTGTTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCACGAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGAt > 1:481157/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |