Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 197,491 | A→G | 4.4% | K316E (AAA→GAA) | rseP → | inner membrane zinc RIP metalloprotease, RpoE activator, by degrading RseA, cleaved signal peptide endoprotease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 197,491 | 0 | A | G | 4.4% | 311.5 / 3.1 | 90 | K316E (AAA→GAA) | rseP | inner membrane zinc RIP metalloprotease, RpoE activator, by degrading RseA, cleaved signal peptide endoprotease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/37); new base G (2/2); total (51/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.61e-01 |
CAAATTGAACCTGTACTGGAAAATGTGCAGCCAAACTCGGCGGCAAGCAAGGCAGGTTTGCAAGCAGGCGACAGGATCGTTAAAGTCGATGGTCAGCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGAAATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAAAGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGAAAGTCATTCCTTTGCCAGATGAGTATAAAGTTGTACGCCAGTATGGGCCGTTCAACGCCATCGTCGAAGCCACGGACAAAACGTGGCAGCTGATGAAGCTGACGGTCAGTATGCTGGGAAAATTGATCACCGGTGATGTGAAACTGAACAACCTCA‑GTGGGCCGATCTCTATCGCCAAGGGGGCTGGGATGACAGCGGAACTCGGGGTTGTTTATTACCTGCCGTTTCTTGCGCTTATTAGCGTGAACTTAGGGATAATTAACCTGTTTCCGTTGCCCGTACTTGACGGGGGGCATCTG > NC_000913/197206‑197763 | cAAATTGAACCTGTACTGGAAAATGTGCAGCCAAACTCGGCGGCAAGCAAGGCAGGTTTGCAAGCAGGCGACAGGATCGTTAAAGTCGATGGTCAGCCCTTAACGCAGTGGGTGACCTTTGTGATGCTTGTCCGGGATAACCCGGGTAAATCCTTAGCGTTAGACATCGAAAGGCAGGGGAGTCCCTTGTCTTTGACATTAATCCCGGAGAGTAAACCGGGTAATGGTAACGCGATTGGTTTTGTCGGTATTGAGCCGCAAGCCATTCCTTTGCCAGATGCGTATAAAg > 1:38211/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |