| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,916,722 | A→G | 3.7% | L556L (TTA→TTG) | barA → | hybrid sensory histidine kinase, in two‑component regulatory system with UvrY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,916,722 | 0 | A | G | 3.7% | 388.8 / 2.8 | 108 | L556L (TTA→TTG) | barA | hybrid sensory histidine kinase, in two‑component regulatory system with UvrY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (51/53); new base G (2/2); total (53/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
ATTCCAGGCCTTCCGACAGGCTGATGCCAGTATTTCCCGCCGTCATGGTGGCACCGGGCTGGGGCTGGTGATTACACAAAAACTGGTTAATGAAATGGGCGGCGATATTTCGTTCCATAGCCAGCCGAATCGCGGTTCAACTTTCTGGTTCCACATTAATCTCGATCTGAACCCGAACATTATTATCGAAGGGCCATCCACCCAGTGCCTCGCAGGTAAGCGCCTGGCCTATGTCGAACCAAACTCCGCAGCAGCGCAATGCACGCTGGATATTTTAAGTGAAACGCCGCTGGAAGTGGTTTATAGCCCAACGTTCTCCGCGCTGCCTCCCGCGCATTACGACATGATGTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCAC > NC_000913/2916446‑2917010 | aTTCCAGGCCTTCCGACAGGCTGATGCCAGTATTTCCCGCCGTCATGGTGGCACCGGGCTGGGGCTGGTGATTACACAAAAACTGGTTAATGAAATGGGCGGCGATATTTCGTTCCATAGCCAGCCGAATCGCGGTTCAACTTTCTGGTTCCACATTAATCTCGATCTGAACCCGAACATTATTATCGAAGGGCCATCCACCCAGTGCCTCGCAGGTAAGCGCCTGGCCTATGTCGAACCAAACTCCGCAGCAGCGCAATGCACGCTGGATATTTTAAGTGAAAcgcc > 2:575978/1‑288 (MQ=255) 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aaGTGAAACGCCGCTGGAAGTGGTTTATAGCCCAACGTTCTCCGCGCTGCCTCCCGCGCATTACGACATGATGTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGa < 2:762143/213‑1 (MQ=255) aaGTGAAACGCCGCTGGAAGTGGTTTATAGCCCAACGTTCTCCGCGCTGCCTCCCGCGCATTACGACATGATGTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGa > 1:762143/1‑213 (MQ=255) aaGTGAAACGCCGCTGGAAGTGGTTTATAGCCCAACGTTCTCCGCGCTGCCTCCCGCGCATTACGACATGATGTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATcac > 1:602709/1‑289 (MQ=255) | ATTCCAGGCCTTCCGACAGGCTGATGCCAGTATTTCCCGCCGTCATGGTGGCACCGGGCTGGGGCTGGTGATTACACAAAAACTGGTTAATGAAATGGGCGGCGATATTTCGTTCCATAGCCAGCCGAATCGCGGTTCAACTTTCTGGTTCCACATTAATCTCGATCTGAACCCGAACATTATTATCGAAGGGCCATCCACCCAGTGCCTCGCAGGTAAGCGCCTGGCCTATGTCGAACCAAACTCCGCAGCAGCGCAATGCACGCTGGATATTTTAAGTGAAACGCCGCTGGAAGTGGTTTATAGCCCAACGTTCTCCGCGCTGCCTCCCGCGCATTACGACATGATGTTGTTAGGCATCGCGGTGACCTTCCGCGAGCCGCTAACAATGCAACATGAGCGATTAGCGAAAGCGGTATCGATGACCGATTTCCTGATGCTGGCACTTCCTTGCCATGCACAAGTCAATGCTGAAAAACTCAAGCAAGATGGTATCGGCGCGTGTCTGCTGAAACCATTAACACCTACACGCCTGTTGCCTGCCCTGACGGAATTTTGTCATCAC > NC_000913/2916446‑2917010 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |