Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,346,329 | A→G | 3.5% | T53T (ACA→ACG) | hpf → | ribosome hibernation promoting factor HPF, stabilizes 100S dimers |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,346,329 | 0 | A | G | 3.5% | 411.0 / 2.1 | 114 | T53T (ACA→ACG) | hpf | ribosome hibernation promoting factor HPF, stabilizes 100S dimers |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/65); new base G (2/2); total (47/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 |
Only 100 of 119 total aligned reads displayed.
ACCTCTTTGCTGTCGGAACAAGGTATCATGGTGGCACGCCGCACTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGTCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAACGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCT > NC_000913/3346041‑3346616 | aCCTCTTTACTGTCGGAAGAACGTATCATGGTGGCACGCCGAACTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGACAAACCAGCGTGAACAAGTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCGACATTACCGGAAATAACGTCGAGAGCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAaca < 1:777343/289‑1 (MQ=255) 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ACCTCTTTGCTGTCGGAACAAGGTATCATGGTGGCACGCCGCACTGTTGCGAAGTACCGAGAGTCTTTATCCATTCCGCCGTCAAACCAGCGTAAACAACTCGTTTGACCCAACCGATAAGGAAGACACTATGCAGCTCAACATTACCGGAAATAACGTCGAGATCACCGAGGCACTGCGCGAATTTGTTACAGCCAAATTTGCCAAACTTGAGCAATATTTTGACCGAATCAACCAGGTCTATGTTGTTCTGAAAGTGGAGAAAGTCACCCACACCTCAGATGCAACACTGCATGTAAACGGTGGTGAAATTCATGCCAGCGCGGAAGGTCAGGACATGTACGCTGCCATTGATGGCTTAATTGATAAGCTGGCACGCCAGTTGACCAAACATAAAGATAAACTGAAACAACACTAATTGTCCGGGCAATTAGCATGTGCATGGCGGTCTGTTGTGCGGCACAACGGGCCATTTGTACGGTTAATGCTCCGAGCCTGTTCCACTGTTTGAGTGGGCAGGTTCTTAGGTGAAATTATGACAAATAATGATACAACTCTACAGCTTAGCAGTGTTCT > NC_000913/3346041‑3346616 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |