| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 458787 = | 1 (0.040) | 31 (1.140) | 28/278 | 0.1 | 96.9% | intergenic (+87/‑101) | clpX/lon | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease/DNA‑binding ATP‑dependent protease La |
| ? | NC_000913 | 608011 = | NA (NA) | intergenic (+23/‑54) | hokE/insL1 | toxic polypeptide, small/IS186 transposase | |||||
CAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTG > NC_000913/458646‑458929 | cccggcattccgtgcctaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:50913‑M1/142‑143 (MQ=255)cccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccctaagttagcgcctatgg < 2:194761‑M1/2‑1 (MQ=255)cccagcattccgtgccaaagtatcaagttcgtcgggcttaccaatatcggccagaattgctgacccgttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatgg > 1:89561‑M1/142‑143 (MQ=255) ccggcattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatggg > 1:283457‑M1/141‑143 (MQ=255) aaaCCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTATCCATTCCCATACAATGAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCATTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTgggg < 1:312966/143‑1 (MQ=255) cattacgtgccgaagtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGaaa > 2:376111‑M1/137‑143 (MQ=255) aTGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACTATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataagc < 1:442470‑M1/143‑7 (MQ=255) gtatccagttcttcgggcttaccaatatgggccagaattgctgaccagttatcgtgagagtaattcatcggcacgttaaatcatatcaggcgtaatacaacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACt < 2:392289‑M1/21‑1 (MQ=255) gCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCataaacgct > 1:80243‑M1/1‑134 (MQ=255) 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taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAg < 1:343381‑M1/113‑1 (MQ=255) aataccacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGTTGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGc > 1:471366‑M1/30‑143 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCt < 2:172786‑M1/119‑1 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGaa > 1:452366‑M1/22‑143 (MQ=255) tctcGGCGTCGAGTGTGGGGGCAACATCCCatacgcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggctgtcagggatactgtc < 2:163524‑M1/143‑114 (MQ=255) 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cttatGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCg > 1:400728‑M1/6‑143 (MQ=255) atGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCGTCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCGTTGAAATCCCCGTAt < 2:399260‑M1/141‑1 (MQ=255) ggggAAACATCCCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcctcgcgttcttcaattgcgttttgtaggttgtcagggatactgtcccacgaatggccacctg > 1:440488‑M1/1‑13 (MQ=255) | CAAACCGTTGCTGATTTATGGCAAGCCGGAAGCGCAACAGGCATCTGGTGAATAATTAACCATTCCCATACAATTAGTTAACCAAAAAGGGGGGATTTTATCTCCCCTTTAATTTTTCCTCTATTCTCGGCGTTGAATGTGGGGGAAACATCCCCATATACTGACGTACATGTTAATAGATGGCGTGAAGCACAGTCGTGTCATCTGATTACCTGGCGGAAATTAAACTAAGAGAGAGCTCTATGAATCCTGAGCGTTCTGAACGCATTGAAATCCCCGTATTG > NC_000913/458646‑458929 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |