| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,305,424:1 | +G | 7.8% | coding (1175/1986 nt) | yjcS ← | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,305,422 | 1 | . | G | 7.8% | 178.6 / 8.7 | 51 | coding (1177/1986 nt) | yjcS | metallo‑beta‑lactamase superfamily protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (20/27); new base G (2/2); total (22/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.35e-01 | |||||||||||
GTTGATGACACGGGCAGAACCGCCCAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTCGCGCCGCGCAGAGTGTAGAAG > NC_000913/4305204‑4305645 | gTTGATGTCCCGGGCGTAGCCGGCCAGCGCCTGGACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAGCCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGcc < 2:270339/228‑1 (MQ=255) acGGGCAGAACCGCCCAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGTTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGACAGTGAAGACGGCAGCTAA‑AGTATGCTGCAGATTTCTATTAT‑CGGTTAGACCTGGTACGc > 1:99136/1‑228 (MQ=255) acGGGCAGAACCGCCCAGCGCCTGCACGTAACGGTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCCCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAAAAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCCACGGCAGCGGGCAGCTTA‑ACCAAGACGCCCATTTCATTCAT‑GGTGAAACCCCGGTTccc > 1:176877/1‑226 (MQ=255) gggCAGAACCGCCCAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGCCAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCCAGTGCAGGCGGCAGCTGA‑AGCATGTCCCCGTCTTCATTCAT‑GGTGTGGCCCTGGTCAGCCa > 2:237130/1‑228 (MQ=255) ggCAGAACCGCCCAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGcc < 2:176877/226‑1 (MQ=255) ggCAGAACCGCCCAGCGCCGGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGcc < 2:123311/226‑1 (MQ=255) cccAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGAAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTTGCCCGGGGCAGGGTc > 2:372614/1‑228 (MQ=255) cccAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGAATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACATCGCGCGGGCGCTGTGGCTGACAGAAACGTAATAGCCGCGCCTAGCCCAGTTCTTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTGACTTCACG‑GGCCGACTCCATCTAA‑GGTGTAGCCCCGGTTCCCCAGGtcacgggta > 1:261910/1‑220 (MQ=255) cgcCTGCCCGTACCGTTTACCCATCCCCAACTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTc < 2:352510/228‑1 (MQ=255) 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1:372614/226‑1 (MQ=255) cgtAAGTGCCAAGATAGAAGTTATGCCCCGGGTGGGCGTTGTGGCGGACAGAACCGTAATGGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑AGCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGa < 1:202023/228‑1 (MQ=255) tAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGGATCGCGGGATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGAcc > 2:485239/1‑228 (MQ=255) aaTAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGACCTGGTTCGCCAGGGGCAAGGTCTGGTCGTTAATGTACTTGGTGGTATCGCGGATTTTACCAATAAAATCATTGATATGCTTATTGCCCACGACCg > 1:76424/1‑228 (MQ=255) 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2:65713/227‑1 (MQ=255) ccGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGGATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTACCCCCCATATCCAGCGTTTCg > 2:32961/1‑228 (MQ=255) tttATTGGGATGTCGAGTCGGCAGTTGA‑ATCATGTCGGCGATTTCATTAAT‑GGTGTAGCCCGGGTTCGCCAGGTTCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTCCCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGAttagaggc < 1:237130/227‑8 (MQ=255) gTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGAATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTTCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCTTTGCCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACCCGTGCACCTTGCTgg > 2:266010/1‑228 (MQ=255) aGCTTA‑ATCATGTCGCCGCTTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACCGCCCTTCCGCGTCGTTACCCCCCATATTCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGt > 2:407780/1‑227 (MQ=255) tCATGTCGGCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCCCTTCCGCGTCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTcgcg < 2:85044/227‑1 (MQ=255) gacGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTcgcgccgcg < 2:524371/226‑1 (MQ=255) ttgCCGTTTTCGTTCAT‑GGTGTAGCCGTGGGTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTAGTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTcgcgccgcg < 2:338783/225‑1 (MQ=255) cggctgttttCATTCAT‑GGTGGAGCTCGTGTTCGCTAAGTGCAGGGTCTTGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCTGTATTTACCACGATAAGTATTGATATGCTGAGTACCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTCGCCCCACATGTCCAGCGTTGCGTTCAGATTCTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTcgcgccgcgc < 1:220772/221‑1 (MQ=255) cgcggttttCATTGAT‑GGTGTGGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGCGTTGAATGTACTTGAGGGTCTCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGTCCAGGCGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGGCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTCGCGCCGCGCa < 1:210118/222‑1 (MQ=255) gCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTCGCGCCGCGCa < 2:76424/227‑1 (MQ=255) tcat‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTCGCGCCGCGCAGAGTGTAGAAg < 2:444308/227‑1 (MQ=255) | GTTGATGACACGGGCAGAACCGCCCAGCGCCTGCACGTAACGTTTACCCATCTCCACCTGACCATACGGATGCAGGTTAGCCGGGTTACCGTCGTAATAGCCAAGATAGAAGTTATACACCGCGCGGGCGTTGTGGCTGACAGAACCGTAATAGCCGCGGCTGGCCCAGTTATTGGCAAGTGCAGGCGGCAGCTTA‑ATCATGTCGCCGATTTCATTCAT‑GGTGTAGCCCTGGTTCGCCAGGTGCAGGGTCTGGTCGTGAATGTACTTGATGGTATCGCGGTATTTACCAATATAATCATTGATATGCTTATTGCCCCAGACCGGCCAGGTGTGCGGCATAAACAGCACTTCCGCGTCGTTACCCCACATATCCAGCGTTTCGTTCAGATACTCGGTCCACTTGCTGGTGTCGCGGGTTTTCGCGCCGCGCAGAGTGTAGAAG > NC_000913/4305204‑4305645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |