Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	1640955	1641044	90	12 [10]	[11] 13	essQ/cspB	Qin prophage, putative S lysis protein/Qin prophage, cold shock protein

GATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAAGAGATCCAATATTCACT  >  NC_000913/1641029‑1641272                 |                                                                                                                                                                                                                                    gATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACACGGGTTAGCAAACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAACACTGCTAGCCATTGTTTCATTTATTTGACCTCCTTATTTTTTATTaaaa                  >  1:533255/1‑227 (MQ=255) gATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCCTGTATTGGACCTCCTTCTTTTTTATTaaaa                  >  1:4355/1‑227 (MQ=255) gATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGAGGTGCTTTTTGAGGGAATCATCCACTTACGCACTATGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGAATACTTTTCTTGATTAACAGTTTTCCAAATATGCTCGCCATTGTTTCTTTTATTTTTACTCCTTACTTTTTATTcaaa                  >  1:695175/1‑227 (MQ=255)  ataataAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTACAACTATTCATGTAGCAAACCTGCACTTAACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGCTTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCAATGGTTTACTGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAag                  >  2:217373/1‑227 (MQ=255)  ataataAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCCCAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAAATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCTTGTATTGGACTTCCTTATTTTTTATTAAaga                 >  1:575207/1‑228 (MQ=255)  ataataAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGCCCTCATTACTTTTTATaaaaag                 >  1:238993/1‑226 (MQ=255)  ataataAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGAATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAaga                 >  2:322388/1‑228 (MQ=255)  ataataAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTACCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTCATTTTTATTaaaaa                 >  1:544927/1‑226 (MQ=255)        aaatccccGCCTGTGTGGTTTTTTGTTTGTGGTTCTTTGTGTGGGAGTCTCCCTATTACGCCATTTGTTTTGCCATGCCATCAGTTAGCTTCTGGTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTTCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTGTTTATTAAAGAGATCCa           <  1:217373/223‑1 (MQ=255)        aaaacCCCCCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAAGAGATCCa           <  2:544927/228‑1 (MQ=255)           aaCCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAAGTGTTCAAata        >  2:567463/1‑228 (MQ=255)                 ccTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACTTGCACTTTACCACAATGGTTAGCATACTTTTCTTGATTACGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGGTTTTTGTATTGGACCTCCTTACTTTTTTTTAAAGAGATCCATTATTTact  >  2:637957/1‑228 (MQ=255)                 ccTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTTATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAAGAGATCCAATATTCact  >  2:300928/1‑228 (MQ=255)                 |                                                                                                                                                                                                                                    GATAATAAAAAACCCGCCTGAGCGGGTTTGAGATTGTGGTGCTTTTTGTGGGAGTCATCCACTTACGCACTTTGTTTTGCCATGCCAGCAGTTAGCTTCTGCTGTAAAACTATTCATGCAGCAAACCTGCACTTCACCACAATGGTTAGCATACTTTTCCTGATTAAGATTTTGCCAAATATGCTAGCCATTGTTTCATGTATTGGACCTCCTTACTTTTTATTAAAGAGATCCAATATTCACT  >  NC_000913/1641029‑1641272

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑