| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,424,240 | G→T | 34.8% | L153F (TTG→TTT) | trkG → | Rac prophage, potassium transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,424,240 | 0 | G | T | 34.8% | 35.8 / 6.0 | 30 | L153F (TTG→TTT) | trkG | Rac prophage, potassium transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/13); new base T (9/2); total (15/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTTTGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGG‑TTGCTGTA‑TTGCCA‑TTATTGGGTATTGGTGGTGCAAAGCTTTATCAGTCAGAAATGCCGGGGCCATTTAAGGATGACAAACTCACTCCCCGCCTGGCCGATACGTCACGGAC‑ACTGTGGATAACTTATTCTTTATTAGGTATTGCTTGTATTGTCTGTTATAGACTTGCAGGAATGCCTTTGTTTGATGCTATTTGTCACGGGATTTCCACAGTTTCGCTTGGTGGTTTCTCAACT > NC_000913/1424016‑1424465 | ttttGGATTTTGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGG‑TTGCTGTA‑TTGCCa < 2:106819/228‑1 (MQ=255) tGTTTTCTGTTATTAGTGCATTCCCTTTATGGATTGACTCAGAACTTAATTTAACGTTCATTGATGCTCTGTTTGAAGGGGTTTCTGGAATAACAACAACAGGAGCAACTGTAATTGATGATGTTAGTTCATTACCTCGGGCATATTTGTACTATCGGTCACAGTTAAATTTTATAGGTGGTTTAGGAGTTATTGTTCTGGCGG‑TTTTTGTT‑TTTCTATTTATTggga > 1:582224/1‑227 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |