Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,520,060 | A→T | 22.5% | D345V (GAT→GTT) | curA → | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,520,060 | 0 | A | T | 22.5% | 49.0 / 3.4 | 42 | D345V (GAT→GTT) | curA | curcumin/dihydrocurcumin reductase, NADPH‑dependent |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (12/16); new base T (3/4); total (22/20) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAGGCAGGGTTGGAC‑AGAAAACACGCGAAGGAATTAAAATGCCTGGAACGGG > NC_000913/1519838‑1520275 | cAGTGCTGCAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGGTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCGGAAGGGGAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGAGATCCGCGTGGCGGGGGAGGATTaaa > 2:521049/1‑228 (MQ=255) tGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGGGATCCGCGTGGCGGGGGCGGTTTAAA‑ggt > 2:302889/1‑226 (MQ=255) tGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAATGGTGATCGGCGTGGAGGGGGATGATTAAA‑gat > 2:615135/1‑226 (MQ=255) aCGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTTAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCAACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAA‑GTTTCAA‑cgccgg > 2:97036/1‑228 (MQ=255) ttCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑ACAAGGCGTTTATCGGCATGCTCGAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAACTGGTGATCCGCGTGGCGGGGGCAGGTTAAA‑AGTTCAA‑caagcgggggt > 1:194842/1‑218 (MQ=255) 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gCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCACAGTGGAGATCAGCGGGGCGGGGGATGCGTAAA‑AATTTAA‑AGGCGGG‑GGAAGCGGCCCCaaaaaaaaagagaaa > 1:368648/1‑218 (MQ=255) tGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGTTTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAACGCGCCATAAAAATCCAGGCGAAAAGCTtttttt > 2:12501/1‑228 (MQ=255) tGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGGGATGATTAAA‑GTTTAAA‑AGGGGGG‑GTAAACCGCCCTAAAAATCCCAGCAAAAAACTTAtttt > 2:472045/1‑228 (MQ=255) 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ggTGAAAGGGGATAAATGCCACGACCGCAAAGAAATTCGTGACGGTTAA‑GGAAAGGCGC‑AACAGGCTTTTAAGGGCTGGTAGATGGATAAAAA‑CTG‑AGGAAAAGTGTTAATCGGCGTGGGGGTGGATGAGTAAA‑GTTGCAA‑CGGCGGC‑TTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCATCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCtaat < 2:320717/227‑1 (MQ=255) aaaCCCACTCCCGCGAAAAATTTTCGGAGGGTTTA‑AAGAAGGCGC‑CACAGGCGTTTATCGGCCTGGTGAAGGGTAAAAC‑CTT‑CGGCAAAGGGGTGACCCGCGTGGCGGTTTATGAAAAAA‑GTTTAAA‑CGGCGGC‑TTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAg < 1:550497/228‑1 (MQ=255) acccccccaCCGGGAAAAAATTTCTGACGGTTAA‑GAGAATCCGC‑CACGGACTTTTACGGGCCTGCGAAAGGATAAAAA‑CTT‑GGGCAAGGTGGTCACCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑ATAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAg < 2:57660/219‑1 (MQ=255) aaTCCGCTACCGAAAAAAAATTATTG‑TGGTTTAGGAGATTCCAC‑GAGAGACGTTTACCGGCGTGCTGAAGTGTAAAAT‑CTA‑CGGCAATGTGGTGACCCGCGTGGCGGGTGATGATAAAA‑TTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAg < 1:387509/227‑1 (MQ=255) cACTACCGAGAAAAAATTACTGACGGTTTA‑GGAAAGGCGC‑CACAGACGTTTATGGGCCTGGTAAAGGGTAAAAG‑CTT‑CGGAAAGGTGGTGATCCGGGTGGCGGGTGAGGATAAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGtt < 2:36057/228‑1 (MQ=255) cgAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGGGATGATTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCCTAAAAATCCAGGGAAAAAAGTTATTTTTAGCTTTTATTAACTAACCACATCATTGTTTTGCATCTAATAAAACCAAAAGtatggggg > 1:36057/1‑212 (MQ=255) 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aCGGTGTA‑GAGAAGGCGC‑CACAGACGTTTATGGGCGTGTTAAAGGGTAAAAT‑CTT‑CAGAAAAGTGGTGATCCGGGTGGCGGGTGATGATTAAA‑TTTTCAA‑CGGCGGC‑TAAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATaca < 2:266526/228‑1 (MQ=255) gaaaaTGCGC‑CACAGGCTTTAAGCGGCGTGGTAAAGGATAAAAA‑CTG‑CGGCAAGGTGGTGACCCGGGGGGCGGGGGAAGA‑TAAA‑ATTTCAAGCGGCGGC‑GAAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGa < 2:564405/225‑1 (MQ=255) cggttttacgggcgtggtaaaggTAAAAA‑CTTGCGACAAAGTGGTGACCCGGGTGGGGGGAAAGGTTAAAA‑TTTACAA‑CGGGGCA‑GAAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCa < 2:294927/206‑1 (MQ=255) agagttaggggcaggcgAAAGGTAAAAAGCGT‑CGGCAAGTGGGTTCGCCGGGGGGGGGGGGATGTTTAAA‑TGTTCAC‑GGGCGAC‑GTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAAGTCCTTCTGCCATg < 2:590425/212‑1 (MQ=255) ttaccgtctggttgaatgtcaaaac‑CTG‑CGGCAAAGTGGTCAACGGCGTGGGTGGTAAGTTGTAAA‑TTTTCAA‑CGGGGTG‑CAAATCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCCCATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATgcagg < 2:342320/208‑1 (MQ=255) actgcgcaaaaGTGGTGATCCGAGGGGCGGGTATTGTTTAAA‑TTCTCAA‑CGGCGGG‑TAAATCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAGGCAGGGTTGGAC‑AGAAAACACGCGa < 2:301026/220‑1 (MQ=255) ttgcGGAAAAGGGGTGACCCGCGGGGCGGTGAATGATTAAG‑TTTTCAA‑GGGCGGC‑GAAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAGGCAGGGTTGGAC‑AGAAAACACGCGa < 2:352664/224‑1 (MQ=255) taagaaacagggtgtgACCCGCTTGGCGGTTGATAATTAAA‑GTTCCAA‑GGGCGGC‑TAACGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTGTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAGGCAGGGTTGGAC‑AGAAAACACGCGa < 2:581874/214‑1 (MQ=255) cGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTTTGCTGCTAATAACAACAAAGGGGAGTGGTTTATGATTATTTACTTTAATAACCCAGGTGAATTCCTTTTGCCATGCAGGCAGGGGTGGAC‑AGAAAACACCCGAAg > 2:353137/1‑226 (MQ=255) ggCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCCTAAAAATCCAGGGAAAAAAGTTATTTTTAGCTTTTATTTAACAACCACATCCTTTGTTTTCTGCCAATAAAAACCAAAGTGAGTGGGTTATGATTTTTTACTTTTATATACCAGGGGCATTCTTTTTGCCATGTATGTAGGGTTGGGC‑aaaaaaacaccgcaa > 1:411924/1‑216 (MQ=255) tggtgATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACAAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAAAAACAAAAGTGAGTGGGTTATTATTATTCACTTTAATACACCAGGGGAATTCCTTTTGCCATGCAGGCAGGGGTGGACAATAAAACAC‑CGAAGAAATTtaaaa > 2:258757/1‑227 (MQ=255) ggggggTAATAATTAAA‑GTTCAAG‑CGGGGGT‑GAAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAGGCAGGGTTGGAC‑AGAAAACACGCGAAGGAATTAAAATGCCTGGAACggg < 2:411308/224‑1 (MQ=255) ggCGGGTTATGATTAAA‑GTTACAA‑CGGGGGG‑GAAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAGGCAGGGTTGGAC‑AGAAAACACGCGAAGGAATTAAAATGCCTGGAACggg < 2:411924/227‑1 (MQ=255) | CAGTGCTGAAAAAACGTATTCGCTTGCAAGGTTTTATTATCGCTCAGGATTATGGTCACCGCATCCATGAGTTTCAGAGGGAGATGGGGC‑AATGGGTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTA‑GAGAATGCGC‑CACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAA‑CTT‑CGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAA‑GTTTCAA‑CGGCGGC‑GTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAGGCAGGGTTGGAC‑AGAAAACACGCGAAGGAATTAAAATGCCTGGAACGGG > NC_000913/1519838‑1520275 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |