| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,076,841 | A→C | 18.2% | T233P (ACC→CCC) | yihY → | BrkB family putative transporter, inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,076,841 | 0 | A | C | 18.2% | 108.8 / 2.6 | 66 | T233P (ACC→CCC) | yihY | BrkB family putative transporter, inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/31); new base C (4/9); total (22/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGGCGATCAGTTCCTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCACCGTGGAGGGA > NC_000913/4076617‑4077064 | tGGCGTTTAGTTCCTTTTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCAcc < 1:494777/227‑1 (MQ=255)gggCTATCAGTTCCTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATCCTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCAcc < 2:213530/226‑1 (MQ=255) 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2:159666/227‑1 (MQ=255) ccTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTTTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAACCAGGCACGAAAGGATTCGCGCTTTCTATCAc > 1:213530/1‑214 (MQ=255) ccTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCCCCCTCCTGTTCGAAGCCGGAAGGAAAGGCTTCCGGCTTTATATCACCATGTTCCCGCCat > 1:209918/1‑228 (MQ=255) ttGTTCTCCCT‑GCGCTGGGCGCGTGCTCTCAATTCTGTCATCGCTAACGTGCTGCTGATTTTGC‑CGTTGCTGTTTTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAg < 1:573169/228‑1 (MQ=255) tGCTCTCCCT‑GGGCTGGGCGAGTGATCTAAAATCTTGCATTGAACACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTTGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAg < 2:686578/227‑1 (MQ=255) ctctCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTATCCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCCCACTCCTGTTCGACGCGGGCCAGAAAGGGTTCGCGCTTTATATCCACATTTTccctgcccacagcaca > 1:632095/1‑215 (MQ=255) ctctCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGCCGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCCCTCCTGTTCCAAGCAGGAACGACAGGTTTCGCGCTTTTTATCACCATGTTCCCGTCATATCAGc > 1:439924/1‑226 (MQ=255) ctctCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGccc > 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1:169004/228‑1 (MQ=255) gccATCGATAACGTGCTGCGAATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCCTTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGCCGCGGTTGTCGCCGCCCTCCTGTTCGACGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTGTCTTTCCCCCTGTTCCCGTCAGATAAGCTCATTTATGGTCG‑GCTGGCgggcgtgcccactcc > 1:223839/3‑214 (MQ=255) gTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTCTATCACCATGTTCCCGTCATATCAGGTCCTTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGTTCCCCATtctc > 2:233452/1‑228 (MQ=255) tcttccacaactgtgttcttATTTTTC‑CGTTTCTGTTGGCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTCCAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCCCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTctct < 1:693779/209‑1 (MQ=255) 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tCGAGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATAGCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTTATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTc < 2:562948/226‑1 (MQ=255) ccgttttATAGCTCCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTAGGGTGG‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCAcc < 1:370303/223‑1 (MQ=255) ttATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGCAGACGACGAACCATGATTGACTTAATTCAACTCCTAACCCGTGCCACCGACACCggcggg > 2:469300/1‑223 (MQ=255) atatCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGt < 2:359400/118‑1 (MQ=255) tatCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCTCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGGCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCACCGTggaggga < 2:209918/228‑1 (MQ=255) | TGGCGATCAGTTCCTATTTGCTCTCCCT‑GCGCTGGGCGAGCGATCTCAATACTGTCATCGACAACGTGCTGCGTATTTTTC‑CGTTGCTGTTGTCGTGGATCTCCTTCTGGTTGCTGTACAGCATTGTTCCTACCATCCGCGTACCTAACCGCGACGCGATTGTCGGCGCGTTTGTCGCCGCACTCCTGTTCGAAGCAGGAAAGAAAGGTTTCGCGCTTTATATCACCATGTTCCCGTCATATCAGCTCATTTATGGTGT‑GCTGGCGGTGATCCCCATTCTCTTTGTTTGGGTCTACTGGACATGGTGTATCGTCTTGCTTGGCGCGGAAATTACTGTCACTCTCGGGGAATACCGCAAACTAAAACAAGCAGCTGAACAAGAAGAAGACGACGAACCATGATTGCATTAATTCAACGCGTAACCCGTGCCAGCGTCACCGTGGAGGGA > NC_000913/4076617‑4077064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |