| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,540,284 | T→G | 26.7% | intergenic (‑782/‑674) | nanC ← / → fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,540,284 | 0 | T | G | 26.7% | 69.3 / 3.1 | 45 | intergenic (‑782/‑674) | nanC/fimB | N‑acetylnuraminic acid outer membrane channel protein/tyrosine recombinase/inversion of on/off regulator of fimA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/17); new base G (11/2); total (26/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
GTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCTGACGAATCAGCAGGAATAATCGCTAGGGACCT > NC_000913/4540061‑4540502 | gtCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTACATTCTGAAGACGATCTGGGGAGGCTTGTTGATTGTGGTGttt > 1:63259/1‑228 (MQ=255) aaaaaCAAAAGATTTTAGTTTAACTATTTGTTTTAAAAATAATTTATTAAGAGTCAAAACAGGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTTTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGga < 1:603114/228‑1 (MQ=255) 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2:594883/1‑227 (MQ=255) gTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTAGATCTGGAGCGGCTTGTTTTTGTTTGTGTTTTCTGGATGCTTTTTCCCTTTGTTTGTTTTCCGTATTGCCCGGGGAAA‑GGT‑TGTGtttt > 1:117409/1‑227 (MQ=255) gggAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTTAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGCTTGTG‑TTGGG‑GAAGGtttt > 2:253898/1‑227 (MQ=255) gggAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCACATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGGTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGGAT‑GGC‑TGTGCTTGTG‑GAAGGgtt > 2:267328/1‑227 (MQ=255) 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atcatGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTTGG‑GAAGGTTTTAGTCGTATGGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATctct > 2:77730/1‑228 (MQ=255) tcatGAAATATGTTGCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAatc < 2:160027/202‑1 (MQ=255) gtGAAATTTGTTTCCTGGTTTGTGGCTGGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTGGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTa < 2:307316/225‑1 (MQ=255) atGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGGGTTTTCCGGGTGGTGTTTCCCTTCGTTTGTTTGCCCTATCTCTCGGGCAAT‑AGC‑TGTGGTTGGT‑GGAGGTTTATGTCGTATTGACCAAAGCTATATTTAACAAACAATTTATTTGAAAAAATACCTTCCTGAGTTCCCCCATAtcttcatg > 1:561250/1‑223 (MQ=255) tatGTTTGTGGGTTTGGTGTTTTTAACTGGTCACTTCGGAAGTTGATCTGGAGAGGCTTTTTGAGTTTGGTGTTTTCAGGATTATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATaaaa < 1:645835/228‑1 (MQ=255) cTGGTTTGTTGCTTGTAACTGGTCACTTCGGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATaaaa < 2:298877/220‑1 (MQ=255) gTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGATAGGCTTTGGTATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTAACGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGc < 2:297186/228‑1 (MQ=255) tCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCt < 2:117409/227‑1 (MQ=255) gATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTTAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGTTGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAACTCACCAAAcacacgaa > 1:95627/1‑222 (MQ=255) gATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GGAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCg > 2:125380/1‑160 (MQ=255) aTCTGGAGAGGGTTGTTGATGTTGGTGTTTGCAGGATGATGGTTCACTTAGTTTGTTTGCCGAATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAGAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATaaaa < 2:338345/183‑1 (MQ=255) 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GTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGAGTCTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCGGCGAAT‑GGC‑TGTGATTGAG‑GAAGGTTTAAGTCGTAGTGACCAAAGCTATATTTACCAACGAATGTAGATGAAAAAATCATCTCCTGCGTTCCCCCATATCTCTAGGATAAAAAGGAATGTAACAATCTCATGGCGTAAGCTGACGAATCAGCAGGAATAATCGCTAGGGACCT > NC_000913/4540061‑4540502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |