Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,252,184 | Δ1 bp | 4.2% | intergenic (+176/‑118) | yqjG → / → yhaH | putative S‑transferase/DUF805 family inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,252,183 | 0 | T | . | 4.2% | 321.6 / 5.5 | 95 | intergenic (+175/‑119) | yqjG/yhaH | putative S‑transferase/DUF805 family inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (46/42); new base . (2/2); total (48/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.26e-01 |
TCCGTGGCAGGATCTCGATGAACCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGA‑TTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTATGTCGGTTTCCGGGGTCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACA > NC_000913/3251957‑3252392 | tCCGTGGCAGGATCTCGATGAACCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTACCGCATCTGGCGA‑TTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTTGCGCGCCtt > 2:117327/1‑238 (MQ=255) ctggggtcggtcctcGATGAACCGGATGGGCGTGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGACGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTAGCTGTCATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGGAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGA‑TTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCa < 2:406281/227‑1 (MQ=255) cGTGGCAGGATCTCGATGAACCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGA‑TTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCa < 2:35255/238‑1 (MQ=255) aGGATCTCGATGAACCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGA‑TTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCAc < 2:793535/238‑1 (MQ=255) tcGATGAACCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTTCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCAACTGGCGA‑GTTTCGGCTTGTCATCAATCTTAACGCGccggacccttaaaaaaaac > 1:434970/1‑222 (MQ=255) tGAACCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGG‑TTTTGCGCTTGTCTTCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAAtt > 2:728955/1‑238 (MQ=255) aaCCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGA‑TTTTTCGCTTGTCATCAGTCTTAgcgc > 1:807487/1‑213 (MQ=255) aaCCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGA‑TTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAgcgc < 2:807487/213‑1 (MQ=255) aCCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAAATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCTGAACCCACTTGGCGG‑TTTTGCGCTTGTCATCCGCCTTAACGGGCCTTAACGGCACTTTTTTAATCCCtt > 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(MQ=255) tCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTATGTCGGTTTCCGGGGTCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTg < 2:613634/192‑1 (MQ=255) | TCCGTGGCAGGATCTCGATGAACCGCATGGACGAGATGTTCGCTTCGGTTAAAAAAAGGCACCTTACGAGGTGCCTCTGATAATTAGCTAAGTGCATGTTGTTCATGTCGGATGTGGCATGAACGCCTTATCTGACATACAAAACATTGTACATTCAATAGATTGCATAACCCGCGCAGACCAGATAA‑GCGTAGCGCATCTGGCGA‑TTTTGCGCTTGTCATCAGTCTTAGCGCGCCTTCACGGCACTTTATTAATTCCTTGAACGAATATTTACTGCCATTTCATTCACGTCTATTCTTAATTTGCTGCTTTAAAAACAAGTGATTGAGCAAAATTGAGGCAAAAATGGACTGGTATCTGAAAGTACTAAAAAATTATGTCGGTTTCCGGGGTCGTGCGCGGCGCAAAGAGTACTGGATGTTTATTCTGGTCAACA > NC_000913/3251957‑3252392 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |