| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 469,266 | A→G | 15.0% | G132G (GGA→GGG) | mdlA → | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 469,266 | 0 | A | G | 15.0% | 225.8 / 3.3 | 94 | G132G (GGA→GGG) | mdlA | putative multidrug ABC transporter ATPase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (18/56); new base G (15/2); total (36/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTATTTTCCCTGTTGCCGATGCCAGTGATGGCGATCATGATTAAGCGCAACGGCGATG‑CTTTGCATGAACGCTTTAAGCTGGCACAGGCGGCGTTTTCCAGTCTTAATGACCGCACCCAGGAAAGCCTCACCAGTATCCGCATGATCAA > NC_000913/469031‑469502 | ggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑CTGCGACCCA‑TGACGTCGAACCGCTCGGTTTTGCCGCCGGGGaa > 2:143965/1‑239 (MQ=255)ggCAGATCCTGATGTGGATCGCCACCATGGGGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGGTTGGGGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGGCAGCTAAGACGGCAGCATCCTGGGTTTTACCCTCGCTCTCGCACAGGTTACCTCCCGG‑CCC‑GGTGGACCCA‑GTACGGCGACACCGTCGTGTTTTCGGCCGGaaaa > 1:593502/1‑239 (MQ=255) tgtgGGTCGCCGCCATGGTGGTGATTGCCGTTTTGTGTTATCTCCTGCTTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACGGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGCCGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACg < 1:706305/239‑1 (MQ=255) gATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCCA‑TGACGTCGATCCGGCCGGTGTTGCCCCCGGGGAAGGGGGGCTGAccccgg > 2:435094/1‑234 (MQ=255) gATCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GGGCGGCCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGGGTTTGCGCCCGGGGAAGGGGGGCTTAcccggg > 2:504726/1‑234 (MQ=255) aTCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GGGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGGGTTTGCCGCCCGGGAAGGGGGGCTGACGCtggt > 2:575110/1‑239 (MQ=255) aTCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGAGTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCCA‑TGCCGTCAGACGGGTAGTGTTTACCGCCGGGGAAcggggtcttgcgctgtg > 2:764799/1‑226 (MQ=255) aTCGCCACCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGAATTGCTGTTTGGGGCGTCTTATAAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGATTTTTACTTCTGCCATCGCCCCGGTGGCCCCATGGCCCC‑TTGCG‑CCAC‑TAAAGCGGATCCCGTCGGGTTTGTCGCCGGGGGAGGGGGGCTGACGcgtgg > 1:768701/1‑235 (MQ=255) ggccacaTGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGa < 2:54531/234‑1 (MQ=255) gCCCCCATGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATTCCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTTGa < 2:886569/239‑1 (MQ=255) ccaTGGTGCTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACCTCGATACCGTCGGGTTTGCCGCCGGGGAAgggggggtggcaccgggggtgtc > 2:873462/1‑219 (MQ=255) ttatgtgtttttaagagacaggttttATCTCCTGCGGTACGTCTGGCGGGTTTTGCTGTTTGGGGCCTCTTAACAACTGGCTGGTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 1:873966/216‑1 (MQ=255) cgttgtgtttgttGCGGTTGTGGTTTATCTCCTGCTTTACGTCTGGCGGGTATTGGTGTTTGGTGCGGCTTAGCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGGCCTCATGG‑CTC‑GTGCGGCCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCAc < 1:655581/228‑1 (MQ=255) cTGATTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCCGCTTGTGTTTGCCTCCGGGGAAGGGGGGCCGACGCTGGTGGGTTCACTggg > 2:813515/1‑235 (MQ=255) tttgccttttGTGTTTTTTC‑CCTGCGTTTCGGCTGGCGGGTTTTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 1:913337/231‑1 (MQ=255) gttgctttttttgttttttcccTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGATTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 1:575110/219‑1 (MQ=255) ataagggccagggTTTAGCTCCTGCGTTACGGCTGGCGGGTTTTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATggg < 2:823874/228‑1 (MQ=255) aTTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCCTCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGCCCAA‑AGACGTCGATCGCCCCGTGTTTGCCGCCGGATGAGGGGTGCTGACCCTGGTGGATTTCCTGGTGTTgg > 2:973668/1‑238 (MQ=255) aTTGCCGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGCCATCGCACCGGTGACCTCCTGG‑CTC‑CTGCGACCAA‑TGACGCCCACCGCGTCGTGTTTTCCCCCGGGGACGGGGGGGGGGCGCGGGGGGGTTCACCgggggttgg > 1:891800/1‑232 (MQ=255) cGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGGCCAA‑TGACGTCGATCGGGTCGTGTTTGCCGCCGGCGAAGGGGGGGTGAGGCTGGGGGGGTGACTgggggggggggggg > 1:1016064/1‑227 (MQ=255) cGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcg < 2:467463/239‑1 (MQ=255) cGTTGTGGTTTATCTCCTGCGTTACGTCGGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTgcg < 2:891800/239‑1 (MQ=255) ttgTTTTTTTCCTGGGTTACGTTGGGCGGGTTTTGATGTTTGGGGGGTTTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGAGTATTACCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCtgtg < 1:533223/237‑1 (MQ=255) ggTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTgtgt < 2:727113/239‑1 (MQ=255) gTTTATCTCCTGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCt < 2:181221/200‑1 (MQ=255) 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tGCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGACTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGGGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTTACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGGTTatgatg > 2:313387/1‑239 (MQ=255) gCGTTACGTCTGGCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CCC‑GGGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGGGTTTTCCGCCCGGGGAGGGGGGCTGCCGCTGTGGGGTTGCCTGGGGGTGGGGTGGGCGGTGTGGTTTttgaggg > 1:799525/1‑236 (MQ=255) ggCGGGTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGGTTGGCGCCGGGGGAGGGGGGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGCGATGGGCGGGGCTGGGGTGGTTTTGATGTTGACGGAAAtt > 1:109576/1‑239 (MQ=255) ggTATTGCTGTTTGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAggg < 2:913276/169‑1 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tttGGGGCGTCTTAACAACTGGCTGTTGAACTGCGGGAAGATTATTCCCGGCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGAc < 2:224873/239‑1 (MQ=255) tGGTGCGTCTTATCAACTGGCTGTTGAACTGCGTGAAGATTATTACCGTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCTGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGGGCTGACGCTGGGGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGCTTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCt > 2:173397/1‑239 (MQ=255) gCGTTTTATCACCTGGCTGTTTAACTGTGTTAAGATTATTCCCTTCAGCTAAGCCGGCAGCATCCTGAGTTTTACCGGCGTCATCGCACCGGTGACCTCATGG‑CTC‑GTGCGACCAA‑TGACGTCGATCGCGTCGTGTTTGCCGCCGGAGAAGGGGTGCTGACGCTGGTGGATTCACTGGTGATGGGCTGCGCTGTGTTGATTATGATGTCTACGCAAATTA‑GCTGGCAGTTGACCTTAtt < 1:513305/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |