| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,697,739 | T→G | 18.6% | V428G (GTG→GGG) | bcsE → | cellulose production protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,697,739 | 0 | T | G | 18.6% | 177.6 / 4.0 | 89 | V428G (GTG→GGG) | bcsE | cellulose production protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (17/50); new base G (18/4); total (35/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.76e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATGACCATTGGC‑GGTAATCGGCTGGTG‑CTGTTTCTCTCATTCTGTCGGATTAACGATCTGGATAC‑CGCGTTGAAT‑CATATTTTCCCATTGCCTACT‑GGCGACATTTTCTCAAACCGTATGGTCTGGTTTGAAGATGATCAAATCAGTGCCGAG‑CTGGTGCAGATGCGCTTGCT‑TG‑CCCCAGAAC‑AATGGGGCATGCCGCTGCCTTTAACGCAAAGTTCTAAACCGGTCATCAATGCCGAGCACGATGGTCGCCACTGGCGACG > NC_000913/3697506‑3697976 | tatCACTACCTTGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGTTGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGAGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCGGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGAAATCATGACCATTGGG‑GGGAAGCGGCAGGGG‑gtgt > 2:453509/1‑239 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGACGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGAACAAGCCCTGCAGCTGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGAGATACTGACCATTGCC‑GGTAATCGCCTGGGG‑CAGtttacaccact > 1:359822/1‑230 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGTATCCGCGTTGACCAACCCTGGACCCTGTG‑TCCCCCTAACCGAACCGCCGTAATCATGACCATTGCC‑GGCAATAGGAGTGTG‑GTGttttgtccaatc > 1:640583/1‑230 (MQ=255) tGCTGTCAATGACCCAGCCGCTCAAACTGCGTGGTTTCCAGAAGTGGGATGTGTTCTGTAATGCCGTCAACAACATGATGAATAACCCTCTATTACCTGCCCACGGTAAAGGCGTTCTGGTTGCCCTACGTCCGGTACCGGGGATCCGCGTTGAACAAGCCCTGACGCTGTG‑TCGCCCTAACCGTACCGGCGATATCATAACCATTGGC‑GGGAAACGGCGCGGG‑CGGTTTCTCCCAttt > 1:506195/1‑238 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |