| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,796,792 | A→G | 12.7% | D272G (GAT→GGT) | waaC → | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,796,792 | 0 | A | G | 12.7% | 187.5 / 3.0 | 72 | D272G (GAT→GGT) | waaC | ADP‑heptose:LPS heptosyl transferase I |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/52); new base G (8/2); total (18/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.22e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CACTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGATAAT > NC_000913/3796554‑3797017 | cccTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGAGTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGa < 2:201291/237‑1 (MQ=255) 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CACTGGCCGGAAGAACACTGGCGAGAATTGATTGGTTTACT‑GGCTGATTCAGGAATACGGATTAAACTTCCGTGGGGCGCGCCGCATGAGGAAGAACGGGCGAAACGACTGGCGGAAGGATTTGCTTATGTTGAAGTATTGCCGAAGATGAGTCTGGAAGGCGTTGCCCGCGTGCTGGCCGGGGCTAAATTTGTAGTGTCGGTGGATACGGGGTTAAGCCATTTAACGGCGGCACTGGATAG‑ACCCAATATCACGGTTTATGGACCAA‑CCGATCCGGGATTAATTGGTGGGTA‑TGGGAAGAATCAGATGGTATGTAGGGCTCCAAGAGAAAATTTAATTAACCTCAACAGTCAAGCAGTTTTGGAAAAGTTATCATCATTATAAAGGTAAAACATGCTAACATCCTTTAAACTTCATTCATTGAAACCTTACACTCTGAAATCATCAATGATTTTAGAGATAAT > NC_000913/3796554‑3797017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |