| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,056,114 | 0 | A | C | 22.8% | 145.1 / 8.6 | 69 | G75G (GGT→GGG) | glnL | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with GlnG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/3); new base C (2/16); total (50/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.94e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGAT‑GACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATAAAGCAGT > NC_000913/4055880‑4056346 | cTGCGCCGCGCCACGTAAACCGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATCCGAGCGCCCGTCGAT‑GACCAGCGTCCCTTCGTTATCGGTAAAACCt > 2:1017083/1‑238 (MQ=255) ccgcgccACGTAAACGGCCAAGCGGATTTTTAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTACCGGATCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGGTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCAGCAATACGCTGGGCCGTCCCAGAAAGGTTATACAGGCGCCCGCGGCA‑GACCCGGGTCCCTTCGATACCGGAAAAACCtacccgc > 1:903190/1‑233 (MQ=255) tttttctctcCTGGGCCGCGCCGCGCACTTAACCGCGGGGAGCCACCTGTTGGGGGGGGGGTTGGTGTTCCCGAACTGAGGCGGCGTTGTTTTCCCACCGGAGCC‑TCCCCAGAAGGGTCCTTGCCGCCCGGATTCCGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGCGCCCCCGTCGAG‑GACCAGCGTCACTTCGTTGTCGGTAAACCCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTc < 1:1000804/233‑1 (MQ=255) ttttAATCTCATGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGAT‑GACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGa > 2:918680/1‑221 (MQ=255) aTGTGCCAGGCCGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGAT‑GACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGAGATTTAAt > 2:1000804/1‑238 (MQ=255) ccGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGAT‑GACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGAAGCt > 2:199528/1‑239 (MQ=255) ccGCGCACTAAATCACGGGCAGCAACCTGCTGGGCGTGCTGTAGCTGTTCCTG‑ACTTAAGCGGCGCTGGTTATCCATCGGAGCCATCTCCAGCAGGAT‑CATGCCGTCCGGCATACGCTGGGCCGTCACAGAAAGGATATGCGAGCGCCCGTCGAT‑GACCAGCGTCACTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCCCGTATTTTAATGGGAAGTAGcc > 2:534203/1‑238 (MQ=255) 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gtcattctgttacgggTAAACCCTTA‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTg < 2:934926/224‑1 (MQ=255) tttcttttttttgcggtaaaCCTTGCCCCCCCCTCCAGCCTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGGAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGt < 1:695440/222‑1 (MQ=255) cTTCGTTATCGGTAAAACCTTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑gg > 2:979483/1‑164 (MQ=255) cGTTAGCGGTAACACCGTG‑CCCCGCCTCCAGACTTTCTTGCATCAGCTCGATATTTAATGAGAAGTAGCTCAACAGTTCCGGTAACGGTGTACCAAACAATTTGCGGGAGCTTTGGGCGAGCAGTTGTTGCGCGGCAGGGTTGGCGTAATGGATCGCCA‑GGTTGTCATCGATTAACAAAATACTGTTAATCAGCGAGTTGAGGATCTGCCCAGCATCGGGCTGCGTGCCTGTTGCCATa < 2:878997/239‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |