| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,136,803 | A→G | 16.2% | S233G (AGC→GGC) | yijE → | EamA‑like transporter family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,136,803 | 0 | A | G | 16.2% | 159.0 / 2.0 | 86 | S233G (AGC→GGC) | yijE | EamA‑like transporter family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/28); new base G (11/6); total (52/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.84e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGGCGCTGGTGAGCCGT‑AAGA‑AAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCTGAATTTTTTCTTCATGTGGGGCG > NC_000913/4136570‑4137033 | tGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGcggt > 2:890839/1‑236 (MQ=255)tGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGGGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCACTGCGGTGGGGCttt > 2:1003443/1‑238 (MQ=255) cTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATg > 2:534717/1‑239 (MQ=255) aaTCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCCTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGACAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTTGCCTCCCGTGCGGTTCTGGCCAGGGCACTGGGGTGGGGTTTCTggcttt > 1:851847/1‑235 (MQ=255) cGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCCGATGCTGTATGCGGCGCTGGCGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCAGCAACGGGAACTTGACTGGCAGCCCACCGGGTTCTGGGCGCCGGCCGCAAGTGGGATTATGGGGAGGGAACTGGCGTGGGGATACTGGTGGTTTTTATT‑Gaaaa > 1:630056/1‑239 (MQ=255) cGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGCCGGCACTGGCGTGGAGCTTATgg > 2:422211/1‑223 (MQ=255) aGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGGAt > 2:271650/1‑239 (MQ=255) cgtttgttgCTAAACGTCTTTTTGCCCGTGCTCCCCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGc‑c < 2:794698/236‑1 (MQ=255) cgATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGCTTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGCCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCGCGCCTACAGTGCGGTTCTGGGGCCGGCACTGGCGAGGGGCTTAGGGTGGGTTGGTTT‑TAAAAAATtgacgcgcaaaaatggt > 1:46189/1‑224 (MQ=255) aTTGTTGGTAAACGTCTGTATGCCCGACATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGCCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGCCTTACAGTGGGATTCTGGCGAGGGCCCGGCGGTGGAGCGTATGGTTGGTTGTGTT‑GCAAAAATTTCAGGCCAGGATTggcgg > 1:1024954/1‑235 (MQ=255) ttgttgCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCCCTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTTTT‑GGAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑Ca > 2:118284/1‑237 (MQ=255) ccTAAACGTTTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGGGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAg < 2:1017413/238‑1 (MQ=255) cGTCTGTATGCCCTTCAACCGCGCGTGGAATTATTGGCGTTAACACCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGACTAGTGTGGGCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGATGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑Ct < 2:630056/239‑1 (MQ=255) tCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGCGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAAGGTGAAATTGCCTGGCAGCCCACCGAGTTCTGCGCGCTGGCTCACCGGGCGACTCTGGCGACGGCACCGGGGTGGAGTTTCGGGGGTTTGGGACT‑GAAAAACCTACCTACCAGtctgggcaactaacaacaaccgg > 1:381218/1‑217 (MQ=255) ttGTATGCCCGTCATCCGGGGGTGGATTTATTGTCGTTAACCTCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGGCTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTgg < 2:851847/237‑1 (MQ=255) tGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGACGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGCGGGGCTTATGGATGTTTGTATT‑GCAAAACTTGCCTGCCGGTATTGC‑CAGCTTAAGccaaccggac > 2:918126/1‑230 (MQ=255) 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TGCTGGCAATCCTCTCCGGCGTCAGTTGGGGGGCGAGCGCGATTGTTGCTAAACGTCTGTATGCCCGTCATCCGCGCGTGGATTTATTGTCGTTAACATCCTGGCAGATGCTGTATGCGGCGCTGGTGATGAGTGTGGTCGCTTTACTGGTGCCGCAACGTGAAATTGACTGGCAGCCCACCGTGTTCTGGGCGCTGGCCTACAGTGCGATTCTGGCGACGGCACTGGCGTGGAGCTTATGGTTGTTTGTATT‑GAAAAACTTGCCTGCCAGTATTGC‑CAGCTTAAGCACA‑CTGGCCGTTCC‑CGTTTGCGGCGTACTCTTTTCCTGGTGGCTGCTCGGCGAGAATCCGGGGGCCGTTGAAGGTAGCGGTATTGTGCTGATTGTGCTGG‑CACTGGCGCTGGTGAGCCGT‑AAGA‑AAAAAGAAGCCGTCAGTGTAAAAAGGATCTGAATTTTTTCTTCATGTGGGGCG > NC_000913/4136570‑4137033 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |