| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 422,247 | A→T | 15.3% | Y421F (TAT→TTT) | proY → | proline‑specific permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 422,247 | 0 | A | T | 15.3% | 155.2 / 3.0 | 66 | Y421F (TAT→TTT) | proY | proline‑specific permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (13/40); new base T (8/3); total (23/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTG‑CTC‑TTTATTATCGGGTTGAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCA‑AATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGG > NC_000913/422017‑422476 | ttcGGTGTTTTTTAACTACATCCTGGCGGAAAACGTTTTCCTGGTGATTCCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTG‑CTC‑TTTATTATCGGGTTGAT‑TGGTTATCACCCgg < 1:323909/237‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ggTTGAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGc > 1:661064/1‑170 (MQ=255) ggTTGAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCC‑AATATCCTTCAGATGTTGAGTGGTCCTGCAtt > 2:828248/1‑239 (MQ=255) ggTTGAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCA‑CATATCCTTCAGATGATAAGTGATCCTCCAta > 1:14402/1‑238 (MQ=255) ggTTGAT‑TGGCTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTAGGGAGAGAAGCCGGAGCCGGCTCTTCTGAAAGTTACCCGCGCCCG‑CCCCCTCCCCCACAAAATCCTTCaatggattagggaaccggaatt > 1:357952/1‑218 (MQ=255) gAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTTTCAGCCGGTTCAGTCGGAAATCCTGGTCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCCCCCCCGTCCCCCTCCCCCC‑ACTATCCTTCAgaatctacggtgtcccacacctgt > 1:780540/1‑216 (MQ=255) gAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGGGGAAATCCTGATCCGCCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTACTCCCCCCCCA‑CATATCCTTCACATGTTGAGttgtctcttcaacaa > 1:646734/1‑224 (MQ=255) gAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCA‑AATATACTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAg > 2:785674/1‑237 (MQ=255) ttATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCA‑AATATCCTTCAGATGATGAg < 2:437532/217‑1 (MQ=255) | TGCGGTGTATCTGAACTACATCATGCCGGAAAACGTCTTCCTGGTGATCGCTTCGCTGGCAACCTTCGCCACGGTGTGGGTGTGGATTATGATCCTGCTGTCGCAAATTGCCTTCCGTCGCCGTTTGCCGCCAGAAGAAGTTAAGGCGCTGAAATTTAAAGTGCCGGGTGGGGTAGCAACGACCATCGGCGGGCTGATTTTCCTG‑CTC‑TTTATTATCGGGTTGAT‑TGGTTATCACCCGGATACGCGTATCTCGCTGTATGTCGGTTTCGCGTGGATTGTTGTGCTGTTGATTGGCTGGATGTTTAAACGCCGCCACGATCGTCAGCTGGC‑TGAAAACCAGTAATCCTTGCGTTCTGTAAGCCGGTTCAGGAGGAAATCCTGATCCGGCTATTCCGAAAGTTATCCGCCCCCGTCCTCCTCCCCCA‑AATATCCTTCAGATGATGAGTGATCCTGCATTAGG > NC_000913/422017‑422476 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |