| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,103,169 | Δ1 bp | 4.8% | coding (28/651 nt) | csgD ← | csgBAC operon transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,103,168 | 0 | C | . | 4.8% | 268.1 / 5.2 | 83 | coding (29/651 nt) | csgD | csgBAC operon transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/52); new base . (2/2); total (29/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.41e-01 | |||||||||||
ATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATT‑AAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACA‑CCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTGTGTGTAGTAATAAATCAGCCCTAAATGGGTAAAATATAAAACTAATGGATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAA > NC_000913/1102933‑1103402 | ttttAGCAACAATTTTTTGATATTTTTGTTTTTCCTGCTTAAAGTTACCGGACAATAATGGATAAGGTTTTTATCCGCTGCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCAt < 1:776789/238‑1 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cTGTCATTTCCACGGATTGTTTATGTTGCTGCAAGAGTGCTGTGGACTGAAAAAAAGATTTAGTTATCAACAATAAGGTATGACCAGGAATACGATGGGCTTCATT‑AAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACA‑CCTGACAGCTGGCTCTAAAATAGAATCACCCGAAGTACTGACAGATGTTGCACGGCTGTGTGTAGTAATAAATCAGCCCTAAATGGGTAAAagat < 1:558338/239‑1 (MQ=255) gCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATT‑AAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACA‑CCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTGTGTGTAGTAATAAATCAGCCCTAAATGGGTAAAATATAAAACTaa < 2:239196/239‑1 (MQ=255) cGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATAATATGGACTTCATT‑AAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACA‑CCTGACAGCTTCCTCTAAAATAGAAGCACCCGAAGTACTGACAGATGTTCCACTCCTTGTTGTAGTAATAAATCAGCCCAAAATGGGAAAAAAATAAAACTAATGGAt > 1:239196/1‑239 (MQ=255) tttAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATT‑AAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACA‑CCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTgtgtgt < 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ATTTAGCAACAATATTTTGATATTGTTGTTTTTCCTGCTCAAAGTATCCTGCCAATAATGGATAAGCTTTTTATCCGCTTCCATCATATCCAGAAGAATAATAGAGCCTGAAGAGATATCGTCCAGAGAACGTTGAATATTATGTAATTTTCCTGTAATTGCCAGCGATTGTTTAAGGTGCTGCAAGAGAGCTGTCGCCTGCAAAGAAGATTTAGTGATCAACAATAATGTATGACCATGAATACTATGGACTTCATT‑AAACATGATGAAACCCCGCTTTTTTTATTGATCGCACA‑CCTGACAGCTGCCTCTAAAATAGAAGCACCAGAAGTACTGACAGATGTTGCACTGCTGTGTGTAGTAATAAATCAGCCCTAAATGGGTAAAATATAAAACTAATGGATTACATCTGATTTCAATCTAGCCATTACAAATCTTAAATCAAGTGTTAAACATGTAACTAAATGTAA > NC_000913/1102933‑1103402 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |