New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 4560711 | 117 (1.240) | 3 (0.030) +TGT |
3/416 | NT | 2.5% | intergenic (‑30/‑220) | yjiH/kptA | nucleoside recognition pore and gate family putative inner membrane transporter/RNA 2'‑phosphotransferase |
? | NC_000913 | 4560712 = | 121 (1.250) | intergenic (‑31/‑219) | yjiH/kptA | nucleoside recognition pore and gate family putative inner membrane transporter/RNA 2'‑phosphotransferase | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ATGAGGTGGTGGCTCCGTTCGCACCAGGCAGTTGCCCAAACGATCCGTTCAGAACGGAAAAATCAAAAACGCGCCACCAGCTGTCTGTTCCGGAAAAAACACCGGAAAAAAAGATTATGGTGAGAAAAAAGGCCAGATACCCTTTAATGC‑CCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTT‑GTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGC‑TTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGCCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGG‑AAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGTGACAATGACATCAGTAAATAAAAACAGAAAATCCAGGGACGAAAACGAGATGGCAAAGTACAA > NC_000913/4560480‑4560944 | aTGAGGTGGTGGCTCCGTTCGCACCAGGCAGTTGCCCAAACGATCCGTTCAGAACGGAAAAATCAAAAACGCGCCACCAGCTGTCTGTTCCGGAAAAAACACCGGAAAAAAAGATTATGGTGAGAAAAAAGGCCAGATACCCTTTAATGC‑CCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTT‑GTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGC‑t < 2:162712/239‑1 (MQ=255) tggCTCCGTTCGCACCAGGCAGTTGCCCAAACGATCCGTTCAGAACGGAAAAATCAAAAACGCGCCACCAGCTGTCTGTTCCGGAAAAAACACCGGAAAAAAAGATTATGGTGAGAAAAAAGGCCAGATACCCTTTAATGC‑CCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTT‑GTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGC‑TTGAGCCAgg > 2:763739/1‑239 (MQ=255) ggCTCCGTTCGCACCAGGCAGTTGCCCAAACGATCCGTTCAGAACGGAAAAATCAAAAACGCGCCACCAGCTGTCTGTTCCGGAAAAAACACCGGAAAAAAAGATTATGGTGAGAAAAAAGGCCAGATACCCTTTAATGC‑CCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTT‑GTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGC‑TTGAGCCAgg < 2:38250/238‑1 (MQ=255) tCCGTTCGCACCAGGCAGTTGCCCAAACGATCCGTTCAGAACGGAAAAATCAAAAACGCGCCACCAGCTGTCTGTTCCGGAAAAAACACCGGAAAAAAAGATTATGGTGAGAAAAAAGGCCAGATACCCTTTAATGC‑CCACTTTTTCTGTGGCCAGCTCCCCGGCTAAAGCATCCCCTTGTT‑GGGTCATCACACACCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTTGGTTTC‑TTGGGCCAGGaaaa > 1:38066/1‑239 (MQ=255) 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ATGAGGTGGTGGCTCCGTTCGCACCAGGCAGTTGCCCAAACGATCCGTTCAGAACGGAAAAATCAAAAACGCGCCACCAGCTGTCTGTTCCGGAAAAAACACCGGAAAAAAAGATTATGGTGAGAAAAAAGGCCAGATACCCTTTAATGC‑CCACTTTTTCTGTCGCCAGCTCCCCGGCTACAGCATCCCCTTGTT‑GTGTCATAACAATCCCCATTGTTTTTTTGTGTTTGTGTGTTGC‑TTGAGCCAGGAAAATTCCTGGAACTGAAAAACCTTATCAGCCATGTGGGTATGGGGAAAATGCAAGTATGTTTCTGGCTATGCGTTTTTTGCATAGCGG‑AAAAATTACGCTGTGTGGAAAAGGCTCTGCGCAGGATTGAGTTGCAGAAAATTCATAAACCAAGTGACAATGACATCAGTAAATAAAAACAGAAAATCCAGGGACGAAAACGAGATGGCAAAGTACAA > NC_000913/4560480‑4560944 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |