New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 279163 = | 106 (1.100) | 60 (0.620) | 5/432 | NT | 42.0% | intergenic (‑2/+15) | afuB/insB1 | pseudogene, CP4‑6 prophage, ferric iron ABC transporter permease gene fragment,Phage or Prophage Related/IS1 transposase B |
? | NC_000913 | = 2760084 | 60 (0.620) | coding (1102/1410 nt) | yfjI | CP4‑57 prophage, uncharacterized protein |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
AATTGTTAATGAGAGCATCATTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTAAAAAAGAAGAGTTTTCTTTAGATGTTTCAGAAGCAGATGAGCTTTATTGTTGGATAAAAGATTACTGCACGCAAAAATTTTCTTCC‑TGCATCAAGAAAAATATTAT‑CTTACAATTTGGGCCAAATAAATTTAGAAATCGTGACAAGGCAAATGAATTAATTAGAATCTTAATTT > NC_000913/2759849‑2760321 | aaTTGTTAATGAGAGCATCATTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAATTTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGGAAGGTTTGCTGCCTTACTTCATTACTTTATGGGTGATGGAGGGGATATATCTGTTACCGCa > 1:606047/1‑239 (MQ=14) agCATCATTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGTTTTTAAGGATTATACTTCTAAAATGGAGGAGGACAAGGCTAGGGTTGATGGCTTACTTCATTATTTCAGTGGTGCTGAAGGGGCTATAGCTGTTACCCAATTAAAAAcagcagg > 1:1197606/1‑238 (MQ=14) agCATCATTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGTGGCCTTACTTCATTACTTCAACGGTGATGGAGGGGATATATCTGTTACCGCGGAAAAagacaaagg > 1:641208/1‑232 (MQ=14) agCATCATTAAAATTAATGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAACCAGCAGt > 2:823018/1‑239 (MQ=255) agatcatTAAAATTAATGAAAAAAATCGCATCTGCCTCCGATTCGCTGCAAAA‑GCAAAAAGACATTGGAGCGAA‑TTCTCACACCAGGACGATTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGt < 1:1011254/236‑1 (MQ=14) ggccttgtgtgaaaattatCACATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGAAATTTGATCGAA‑TTCTTCAACCAGGTTGAGATAGAAATGAGAATGATTGGCCTTGTTTATGAGTTTAAGGATTATGCCTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTCCATTACTTCATCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGgttaatgactccaacttattgata > 1:224543‑M2/10‑215 (MQ=255) aaTGAAAATAATCGCATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTg < 2:232968/239‑1 (MQ=255) attatccttccgCCTCCGATTTCCTGAAGAAGGCAAAAGGATTTGGGAT‑GAA‑TTTTACAAGCAGGTCGATTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCGTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTg < 1:356682/228‑1 (MQ=17) atCCCATATGCCTCCGATTCTCTGCATAA‑GCAGAAAGACATTGGAGCGAA‑TTCGACAACCAGGGCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTTCCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTgaa < 2:1205630/239‑1 (MQ=255) cATCTGCCTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCt > 2:252694/1‑223 (MQ=255) cTCCGATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCTAGGCTTGCTTCCTTACTTCATTAATTTAGCGGCGATTGGGGCGGTATTTCTGTTACCGggtaatgactcccacttctttatagggttttttgtttataaaatac < 1:1191956‑M2/233‑47 (MQ=255) gATTCTCTGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTTAAGAATACATCCGCTTg > 2:611689/1‑239 (MQ=255) cgtctgtgCAGAA‑GCAGAAGGGTATTGGATCTAA‑TTCTACAACCAGGTGTGGTGAGAATCGAGAATGACTGGCCGTTGTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTTCTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCTggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgacttt > 1:564936‑M2/3‑182 (MQ=255) 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tGCAGAA‑GCAGAAAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTa < 2:641208/239‑1 (MQ=255) ggagaa‑gaaaaaAGATATTGGGTTGAA‑TTTTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTTTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTaa < 1:611689/237‑1 (MQ=255) gaaAGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgctgctccacc < 2:590819‑M2/239‑74 (MQ=255) aaGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgctgctccaccga < 2:1019019‑M2/239‑76 (MQ=255) aGACATTGGATCGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTAAAAAAGAAGAGtt < 1:420844/239‑1 (MQ=255) cGAA‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCAGAGAACATGGCGATGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCCGCGGTGATTGAGGCGATATAACTGTTACCCggtaatgcctccaacttattgctagtgttttatgttcagataatgcccgcagactcttttatgcttgtccaccgatttttaaaacc < 1:275366‑M2/238‑87 (MQ=255) aa‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCCGAAATGAGGATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTgaagaa < 1:543988/194‑1 (MQ=255) aa‑TTCTACAACCAGGTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTgaagaa > 2:543988/1‑194 (MQ=255) gtgttgggtcaaaaaTGGGAATGATTGGCCTTCTTTTGGATTTTAAGGATTTTGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgctgctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtc > 1:590819‑M2/8‑138 (MQ=255) ggTCGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTAAAAAAGAAGAGTTTTCTTTAGATGTTTCAGAAGCAGATg > 2:395239/1‑239 (MQ=255) gtgagTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGggtaatgactccaacttattgatagtgttttatgttcagataatgcccgatgactttgtcatgctgctccaccgattttgagaacgacagcgacttccgtcc > 2:396179‑M2/3‑135 (MQ=255) gcGAGTCAGAAATGAGAATGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCTAAAATGGCGGAGAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTAAAAAAGAAGAGTTTTCTTTAGATGTTTCAGAAGCAGAt < 2:348676/235‑1 (MQ=255) gcGAGTCAGAAATGAGAAAGATTGGCCTTCTTTATGATTTTAAGGATTATGCTTCGAAAATGGCGGATAACATGGCGAGGCTTGCTGCCTTACTTCATTACTTCAGCGGTGATGGAGGCGATATATCTGTTACCGCAGTAAAAGCAGCAGTGGAGATAGTGGCTTGGTATATTGAAGAATACATCCGCTTGTTCTCTAAAAAAGAAGAGTTTTCTTTAGATGTTTCAGAAGCAGAt < 2:834692/235‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |