| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,838,901 | C→T | 12.2% | L219L (CTG→TTG) | yicL → | EamA family inner membrane putative transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,838,901 | 0 | C | T | 12.2% | 354.7 / 6.7 | 146 | L219L (CTG→TTG) | yicL | EamA family inner membrane putative transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/83); new base T (18/2); total (61/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
TTATTGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTCT‑GGCGTTTTTTTATTT‑GGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACA‑TTTAGTCTGT‑ACCTGAAAGGAGCACA‑ATTAATTGGCGGTCCAAAAGCCAGCATTTTGAGCTGTGCAGAACCATTAAGTAGCGCGCTAC‑TCTCTTTGCTGTTGCTGGGGATC‑ACGTTCACATTACCGGACTGGCTGGGAACGCTGCTGATTCTGTCATCGGTGATTTTGATTTCAATGGATT > NC_000913/3838670‑3839123 | ttttttgTGACCCACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCCCCCTCCCCGTTGTTCTGGGGCATTGGCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTCT‑GGCGtt < 1:1068244/233‑1 (MQ=255) ttGGTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGGCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTT‑ATTTT‑GGCGttttt > 2:1209672/1‑239 (MQ=255) gTGACACACGGTAATCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATCCTGCTTGAC‑GGTCCTATTCTTTTGCCTTTTT‑ACGCACGGCACGTACCCAACCTTGTCGTTTAC‑TGCAG‑TTTG‑TTTTT‑TGTGTTTTTTTa > 1:380006/1‑239 (MQ=255) ggTAATCCGACGTCATTAGCGATTGCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTTGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTCT‑GGCGTTTTTTTATTt‑ggtg < 2:388351/237‑1 (MQ=255) tCCGACGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCATTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTTT‑GGGGTTTTTTTTTTT‑TGTGGTCCttt > 2:1133416/1‑238 (MQ=255) cccGACCTCCTTACCGATCTCTCCTGCCCCGTTGTTCTGGCGCATTGACTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACATATCCATCAACGCTAATTGCCCGCTATGGAACGTTTCCAGTCGCTGGCTGTAGTCGGCTGATGGGC‑GGACTGGCTCGTCTGACTTTGA‑CTGCCAGGCACGGACCAAAATTTGACTTTTAA‑CGAAG‑TGTGTTTTTT‑GGCGTTTTTTT‑CTT‑GGTGGGTATTg > 1:410389/2‑239 (MQ=255) cggcGTCATTATCGATCTCTCCTGCCGCGTTGTTCTGGGGCCTTGCCTCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGTTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTCT‑GGCGTTTTTTTATTT‑GGTGGTCATTGGt < 2:166408/236‑1 (MQ=255) 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cttgcgggttgttCTGGGGCATTGCCGCGGCATTTGCTGCTGCATTCTATACCACCTATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTCT‑GGCGTTTTTTTATTT‑GGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACA‑TTTAGTCTg < 2:896613/232‑1 (MQ=255) cttccGGGTTTTTCTTGGGCATTGGCTCGGCATTTGCTGCTGCCTTGTATCCCACCTACCCCTGAACGCTAATTGCCCGCTTTGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGATTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTCT‑GGCGTTTTTTCATTT‑GGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACA‑TTTAGTCTg < 1:17704/236‑1 (MQ=255) ccctccggtttttCTTGGGCTTTGCCCCGGCATTTGCTGCTGCCTTCCATACCCCCCATCCCTCAACGCTAATTGCCCGCTATGGCACGTTACCAGTCGTCGGCTGGAGTATGCTGATTGGC‑GGTCTGATTCTGTTGCCTTTTT‑ATGCCAGACAAGGAACAAACTTTGTCGTTAAC‑GGCAG‑TTTG‑ATTCT‑GGCGTTTTTTTATTT‑GGTGGTCATTGGTACGTCCCTGACA‑TTTAGTCTg < 1:1069804/232‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |