Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,860,855 | A→C | 11.0% | T192P (ACT→CCT) | yidL → | AraC family putative transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,860,855 | 0 | A | C | 11.0% | 336.1 / 2.4 | 151 | T192P (ACT→CCT) | yidL | AraC family putative transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/55); new base C (5/15); total (77/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.44e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
GGAATTTACCCCCACCAGTATGATGGATATTCCCGTTGGTCAGCAAAGCGTTATTTATAATGGCGAAATTTATAATC‑AGGAACTCACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCA‑GTCGCTTTTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTG‑TCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACAACGGCGGCAAATTGAAAAATTAATTGCCACTTTACATGCCAGTCTGCAACAACGCTGGAGCGTAGCTGATATGGCTGCCACGATCCCCTGTAGCGAAGCCTGGTTGCGTCGTCTGTTTTTACGCTATACCGGCAAGACGCCGAAAGAATATTACCTCGATGCGCGTCTGGATCTGGCGCTATCGCTATTAAAGCAACAAGGAAACTCGGTTGGCGAAGTCGCTGATACGCTCAACTTCTTCGACTCCTTTCATTTCAGCAAAG > NC_000913/3860617‑3861089 | tgaATTTACCCCCCCCAATAAGTTTGAATGTCCCGTTGGTCAGGAAAGCGTTATTTATAATGGCAAAATTTAAAATC‑AGGAACTAACCGAAGTTGCTGAGTTAATAACTTCACCAGAAGCAATAAAAAATAATCTGGCA‑GGCGCTTGTCTGACGAAAATTATTTATCAGTGGATTTG‑TCTTATGTACGCAGATGGTAAAAAAGATCCACAACGGCGGCAAATTGAAAAATTAATTGCCa < 1:1001119/238‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |