Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,895,215 | T→A | 16.2% | *189K (TAA→AAA) | chrR → | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,895,215 | 0 | T | A | 16.2% | 201.1 / 8.0 | 95 | *189K (TAA→AAA) | chrR | chromate reductase, Class I, flavoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/24); new base A (2/14); total (56/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-05 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACCGGTATTGATTCAGACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAATCATGCATGGCGGGTTTTTAACGCGCTATCGATTTTAGTGAGCGTCGATAAAGACAATCTTCAGGATAAACAGCAGCGCAA‑CGATGATTACGCACGGGCTTAGATCACGCAGACGTCCGGTACCGATTTTCATCACGCAGTAGGAGATAAAGCCCAGCGCGATACCTTCGGTAATCGAGAAGCTGAACGGCATCATCACGGCGGTAATA > NC_000913/3894977‑3895445 | aCCGGTATTGAATCAGCCCAGCTCAATGGGCGTGATTTGCGGAGCGCGCTGTCAGTATCACTTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGATCAGAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCt < 2:778755/239‑1 (MQ=255) gACCAGCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTCCCTCGATGCAA‑TGGAGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGTTTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGCGTTAAGT‑TCTACATAAAAAACACg > 2:918390/1‑238 (MQ=255) gCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGGACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGcacgca > 2:236004/1‑234 (MQ=255) gCTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGGGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGGGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑GCAAAAAAAAAAAACCGCCAgaa > 1:1237254/1‑237 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCaa > 2:1182958/1‑239 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCaa > 2:1239166/1‑239 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAAG‑TACAAAAAAAAAAccccacagaaa > 1:344432/1‑231 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGGAAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAAAAAAAAACCACCCAGCa > 1:924208/1‑238 (MQ=255) cTCAATGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACAGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGGGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATCAAACACCCGCCAGCa > 2:315851/1‑238 (MQ=255) aaTGGGCGTGATTGGCGGCGCGCGCTGTCAGTATCACCTGCGCCAGATTCTGGTTTTCCTCGATGCAA‑TGGTGATGAACAAGCCGGAATTTATGGGC‑GGCGTGATTCAGAACAAAGTTGATCCGCAAACCGGAGAAGTGATTGATCAGGGTACGCTGGACCACCTGACC‑GGGCAATTGACCGCATTTGGTGAGTTTATTCAGCGAGTTAAGA‑TCTAAATAAAAAACCCGCCAGCAAtaa > 2:298374/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |