| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 429,830 | T→G | 21.2% | V109G (GTG→GGG) | secF → | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 429,830 | 0 | T | G | 21.2% | 197.7 / 11.0 | 98 | V109G (GTG→GGG) | secF | SecYEG protein translocase auxillary subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/54); new base G (23/2); total (42/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.21e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTGCTGTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGTGGGGGCAGACCTTGCGCAAACCGGTGCGATGGCGTTGATGGCAGCGCTGCTGTCTATCCTC‑GTGTACGTAGGTTTCCGCTTTGAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGC > NC_000913/429598‑430057 | ctgctgTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTggg < 2:29342/239‑1 (MQ=255) tgctgTTAATCGCTGCTATCGTTATTATGGGCGTGCGCGGCTTTAACTGGGGGCTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGTTATTGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGGGTTGGGc > 2:817000/1‑239 (MQ=255) tttgatgtctgtgtgcGTTTTTGTGGGCTTGTGGGGGTTTAACGGGGGGCTGGCTTTGAC‑CGGTGGTAAGGTGTTTGAAATTACGCTCGGAAAACCGGCTGAAATTGACGTAAGGCGGTATGACTTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTGGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGcc < 1:742656/224‑1 (MQ=255) tttcccggggttATCGTTTGTGTGGGCGCGCGCGATTTTACCGGGGGACTGGATTTCAC‑CGGTGGTACGGCTATAGAAATTCCGCTCGAAAAACCGGCTTAAATTGAGGAAAGGCGTGATTGATTGCAAAAAGC‑C‑CGTTTGGAAGCGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATAACATCATGGTCCGTATGCCGCATGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCa < 1:660618/228‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTGAAATTACGCTAGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGa < 1:95314/175‑1 (MQ=255) tGAAATTGCGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAGGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCg < 2:827757/239‑1 (MQ=255) tGAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTTC‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGGGATTAACGAATCCACCAATCAAGATGCCGCAGGGAAGCGTATTGGTTTAGTCGGTCCGAACg > 2:653447/1‑239 (MQ=255) gAAATTACGCTCGAAAAACCGGCTGAAATTGACGTAATGCGTGATGCATTGCAAAAAGC‑C‑GGTTTTGAAGAGCCGATGCTGCAAAACTTTGGTAGCAGCCATGACATCATGGTCCGTATGCCGCCTGCTGAAGGCGAAACCGGCGGTCA‑GGTGTTGGGCAGCCAGGTTCTGAAGGTGATTAACGAATCCACCAATCAGAATGCAGCAGTGAAGCGTATTGAGTTCGTCGGTCCGAGCGt < 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |