| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 776,058 | T→G | 10.3% | G70G (GGT→GGG) | tolR → | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 776,058 | 0 | T | G | 10.3% | 257.7 / 2.0 | 91 | G70G (GGT→GGG) | tolR | membrane spanning protein in TolA‑TolQ‑TolR complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/61); new base G (9/2); total (28/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAATCGGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCGTTTCCC > NC_000913/775820‑776292 | ccgttacggaaggcctcaaGTGGTAAGCCATGGACCGGGCGCGTGGACGTGGGCGTCGCGATCTAAAGTACGAAATCAACATTGTGCCGGTGCTGGACGTTCTGCTCGTGTGTTTGCTCATC‑TAATGGCGACAGCGCCCATCATCACGCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTa < 1:457394/223‑1 (MQ=255) 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1:610085/239‑1 (MQ=255) tGGTATTGGGCAGTACACCGGGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAATCGGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCGTTTccc < 2:672384/238‑1 (MQ=255) | CCGTTAGCGAGAGCAACAAGGGGTAAGCCATGGCCAGAGCGCGTGGACGAGGTCGTCGCGATCTCAAGTCCGAAATCAACATTGTACCGTTGCTGGACGTACTGCTGGTGCTGTTGCTGATCTTTATGGCGACAGCGCCCATCATCACCCAGAGCGTGGAGGTCGATCTGCCAGACGCTACTGAATCACAGGCGGTGAGCAGTAACGATAATCCGCCAGTGATTGTTGAAGTGTCTGGTATTGGTCAGTACACCGTGGTGGTTGAGAAAGATCGCCTGGAGCG‑TTTACCACCAGAGCAGGTGGTGGCGGAAGTGTCCAGCCGTTTCAA‑GGCCAACC‑CGAAAACGGTCTTTCTGATCGGTGGCGCAAAAGATGTGCCTTACGATGAAATAATTAAAGCACTGAACTTGTTACATAGTGCGGGTGTGAAATCGGTTGGTTTAATGACGCAGCCTATCTAAACATCTGCGTTTCCC > NC_000913/775820‑776292 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |