| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,196,131 | G→A | 20.0% | A337T (GCC→ACC) | icd → | isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,131 | 0 | G | A | 20.0% | 143.4 / 34.3 | 79 | A337T (GCC→ACC) | icd | isocitrate dehydrogenase, e14 prophage attachment site, tellurite reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/35); new base A (9/7); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.17e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.77e-01 | |||||||||||
TCGACGGTGGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAA > NC_000913/1195895‑1196364 | tCGCCGGTGGCCCGTTGCTGAAAGTTAAAACCCCGAACGCGTGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGGGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGACCCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCGGTTTGAAGcc < 1:733414/239‑1 (MQ=255) cggcgggggccctgtgCTGAAAGTTAAAAACCCCACCACTGGCAAGGAGATCGGCAATAAAGACGGTATTGCTGAGGCAGTCCTGGAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGGTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcc < 1:1113124/223‑1 (MQ=255) cGGTGGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAg > 2:1091021/1‑233 (MQ=255) ggTGGCCCTTGGTTGAAAGTTAAAAACCCGAAACCTGGAAAAGAGTACGTCATTAAAGGCGTGAGTGCGGATGCATGCCTGCAACAGTTCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATTGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGGTTGAAAccaccca < 1:991934/239‑1 (MQ=255) gttgctcgtgtggtaaaGTTAAAGACCCGAACACTGGCAAAGAGTGCGTCATTAAAGCCGTGATTGCGGATGCATTCCGTCAACAGATCCGGCTGCGACCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CGGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGccaccca < 1:418618/224‑1 (MQ=255) gTGGCCCGGGTTTTAAAATTAAGAACCCGTGCACTGGCACAGAGGTCGGTCTTAAAGACGTTATTGCTGAGTCCTTCCCGCAACAAATCCCTCTGCGTCCGGCTGAATGTTATGGTACCGCATGTAGGAACCTGAACCGTGACTACATTT‑CTGGCGCGCTGGCAGCCCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCTTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcctccca < 1:7337/238‑1 (MQ=255) gCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCCGGTTGGCGGTATCGGGA‑TCGCCCCTGGTGCAACCATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAGGCCACCCACgt > 2:793090/1‑237 (MQ=255) gCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGGATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGt > 2:374450/1‑239 (MQ=255) cccggtgatGAAAGTTAAAACCCCGAACCCTGGCAAAGAGATCGTCATGTAGGAGGTTATGTCGGATGCATGCCTGGATACGGTCCTGCTGCGGCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGGACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTTACGGCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTAGCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTa < 1:389229/231‑1 (MQ=255) ccGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACCCTGGCAAAGGGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTa < 2:1298479/238‑1 (MQ=255) tGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGAAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGGACTg > 2:87230/1‑238 (MQ=255) tGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGGA‑TCGCCCCTGTGGCAACCATCGGGGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcgtgtctcttataaac > 2:169601/1‑224 (MQ=255) tGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGCGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTg > 2:347148/1‑238 (MQ=255) gCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTgcg < 2:1281387/238‑1 (MQ=255) aatttAAAAACCCGAACACTGGCAAAGGACTCGTCATTAAATGCGTTATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTTGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGaa < 2:646220/235‑1 (MQ=255) ttaaacCCCGAAACCTGGGAAAGGGATCGTTCTTAAAAGCGTTATTGCGGATGCGTTCCTGCAACAGATCCTGGTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATg < 1:385789/237‑1 (MQ=255) aCCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGt < 2:263141/239‑1 (MQ=255) gAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAgg > 2:704470/1‑239 (MQ=255) acccTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGAc < 2:42345/236‑1 (MQ=255) agagATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGGGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGCCGGTATCGGGA‑TCGCCCCTCGTGCAAACATCTGTGACTAGAGCGCCCGGTTTGTAACCCCCCCCGGGACCGAGCCCAAAAAAGCCAGACAGGCAAAAGaaaaac > 1:111905/1‑237 (MQ=255) agaTCGGCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCt < 2:939565/239‑1 (MQ=255) gtttcttaTTAAAGACGTGATTTGTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCt < 1:1077554/231‑1 (MQ=255) gaTCGTCATTAAAGTCTTGATTGCTGGTGCATTCCGGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACTGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATcc < 1:34260/237‑1 (MQ=255) tgtgcATTAAAGGTGTGGTTTCGGATGCTTTCCCGAAAACAATCCGGCTGCGCTCGGCTGAATATGATGTTATCCCCTGTATGAAACTGAGCGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGGTACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTgg < 1:659780/234‑1 (MQ=255) tCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTgg < 2:1272238/238‑1 (MQ=255) cGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGGCAAAGTAAATCCTGGc > 2:34260/1‑238 (MQ=255) cGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TAGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTCTGAAGCACCCCCCGGTACTTGCCCGAAATAAGCCGGTCCGGCAAAAGaaaaaacgggag > 1:841921/1‑231 (MQ=255) gTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGCCGAATGCGCCCTGTTTGCAGCCACCCACGGTATTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGCCAAAGTAAATCCCGGCTCTATTATtctcc > 1:771150/1‑237 (MQ=255) gTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATtctct > 2:348225/1‑238 (MQ=255) ttGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGc < 2:936317/238‑1 (MQ=255) tCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGAtgctg < 2:716686/239‑1 (MQ=255) aaCAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCcac < 2:887099/239‑1 (MQ=255) aTCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGAGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTgcg > 1:905832/1‑162 (MQ=255) aTCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGAGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTgcg < 2:905832/162‑1 (MQ=255) ccTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGCAATATGCCGGTCCGGCCAAAGTAAATCCTGGCCCTTTTATTTTCCCCGCTAAGACGATTCTCGCCCACACGGGtg > 1:477447/1‑238 (MQ=255) ccTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGGGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGtt > 2:65404/1‑239 (MQ=255) tCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTTACTACATTT‑CTGACGACCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGCATGCGACCTGTTTTGAGCCACCCTCGGTACTGCGCCGCAATATACCGGTCAGGACAAAGAACACTCTGCCCCTACTATTTTATCTCCGCCGATGATTCGGCGCAACCTGGGGTGGTGCGAAg > 1:866389/1‑239 (MQ=255) ttaggactctgttttATCGGCTGGTTGAACCTGAACGGGGACTCCAGTT‑TGTACTCCCTGGCAGGCCATGTTGGCGGTATCGGTG‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGc < 1:269594/226‑1 (MQ=255) ctcaaaTATGTTGTTATGCCCTGGATGAACGTTGAGGGTGTCTACATTT‑GTGACGCCTTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACAGCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGc < 1:889942/235‑1 (MQ=255) tgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcc > 2:264575/1‑121 (MQ=255) tgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGCCTTAATTg > 2:905931/1‑239 (MQ=255) tgTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGGGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGcc < 1:264575/121‑1 (MQ=255) tttCGCCTGTATGGACCGTAAAGGGGAGTTCAGTT‑CTGACGGCCGGGCAGCGTAGGTTGGAGGTAGCGGGA‑TCGCCCCGTGGGAAAAGCGCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACGTGCGGTACTGCGCCGAAATAGGCCGGGCAGGAGAAAGTAATTCCTGGCGCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGATGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGtt < 1:501560/236‑1 (MQ=255) tATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTgg > 2:656366/1‑168 (MQ=255) tATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTa > 2:269056/1‑239 (MQ=255) tATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTa < 2:1097141/239‑1 (MQ=255) tATCGCCTGTATGAACCTGAACGGGGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTgg < 1:656366/168‑1 (MQ=255) ccttGTTTGACCCTGAA‑GGTGTCTCCATTTAATGA‑GCCCGGGGAGCGCGGGTTGGGGGT‑TCCGTACCCGCCACTGGTGCGAACCATGGTGGCGAATGTGACCTGTTTGAAGCAACCCACGGTACTGCGCGGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGATCTATTTTTCTCTCTGCTGAGATGATGCTGCGCGACATGGGTTTGACCGAAGCGGCTGCCTTAATTGTTAAAggg < 1:1295696/236‑2 (MQ=255) cTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGt < 2:477447/238‑1 (MQ=255) tGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGGTGGACCGAAGCGGCTGACTTAAtt > 2:269594/1‑228 (MQ=255) ttttaaCCTGAATGGTTACTAAGTTT‑GCGACGCCCTGGCAGGGCAGGTGGGCGGGCTCGGTA‑TCGCCCCTGGTGAAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTTCTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCGGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATgg < 1:704470/235‑1 (MQ=255) tATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAACGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATgg > 2:493024/1‑239 (MQ=255) tATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATgg > 1:746433/1‑239 (MQ=255) aCCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCCCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCCACGCATGGGTTGGCACGAAGCGGCCGACTTCATTGTTAAAGggaaggaaaga > 1:521419/1‑236 (MQ=255) cTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGATGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGCCTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGgcgc > 2:1036142/1‑239 (MQ=255) tt‑CTGACGCCCTGGCAGCGGAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCGCCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCg < 2:591183/239‑1 (MQ=255) tt‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCg < 2:111905/239‑1 (MQ=255) aCGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTaa > 2:376571/1‑237 (MQ=255) ggCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCAACATGGGTTGGACCGAAACGGCTGACTTAATTGTTTAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAAAGCGAAAACCGGAACCTACGaat > 1:211421/1‑237 (MQ=255) gcAGTTTGGCGTTTTCTTTT‑TCCCCCCTGTTGCAAACCTCGGGTACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGc < 1:493024/239‑1 (MQ=255) cAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGCATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATAACTTAGAGCg > 2:920146/1‑239 (MQ=255) tgttttggttgcgacccTGGTGCAAACACCGGGCCCGAAGGCTCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGAGGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTgatgga < 1:347148/225‑1 (MQ=37) tatcggta‑tcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTTTTAACGGGATGGAAGG‑GCACAACAACGCGAAAAACGGAACATATAACTTCGAGAGTcgggaggggg > 1:435922/1‑230 (MQ=255) tcggta‑tcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGGTGgc > 2:236692/1‑239 (MQ=255) tcggta‑tcgCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATGGTTAAAGGCATGGAAGGGCCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCTAGCGTCTGatggatggg > 2:976985/1‑238 (MQ=255) gCCCCTGGTTCAAATATCGGTGACGAAGGGGCCATGTTTGAAGCC‑CCCACGGGTCGGCGCCGAAATAGGCCGGTCAGGAAAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAActg < 1:750988/239‑1 (MQ=37) ggggCAAACCTCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGaa < 2:771150/236‑1 (MQ=255) ggTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCCCCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGaa < 2:872444/239‑1 (MQ=255) cAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGCAAATCCTGGCTCTATTATTCTCCCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTATTTGTTAAAGGGATGGAAAGCGAA‑ATCAACCCGGAAACCGAAACCTTTGACTCCTTGAGTCTAATAGATGGGCCAAAAACGCTGaaaatt > 1:601428/1‑236 (MQ=255) aaaCTTCGGTGCAGAATGGCCCCTGTTTGAAGCCACCAACGGTACTTGGCCGAAATAAGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCCCTCCGCTGAGAAGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAAGCTAGGACTGCGAGTGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGtt < 1:348225/239‑1 (MQ=25) aaCATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCCCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGAGGCTGCGCCACATGGGTTGGTCCGAAGAGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACCCGAGAGCAGTACCCTAGATCATCACGGGTCTCATGGGTGGCGCAAAAAGTCTGAAATGTTc > 1:364539/1‑239 (MQ=255) aaCATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGGTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGGATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCCTAACCCCTGACTACGGGCGTCTGTAGCATGGCGCTAAACGGTTAAAATGTTc > 1:62282/1‑239 (MQ=255) aCATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTACGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCa < 2:211421/239‑1 (MQ=255) cGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGCAACCACCCACGGTACTGCGCCGTAATATGCCGGCCAGGGCAAAGTAAATCCTGGGTCTATTCTTCTCTACGCTGCGATGATATTGGGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGGTAAAGGTAGGGAAGGGGCA‑ATCAACGCAAAAACCGAACCCAATGAAGTCCAGCGTCTGACGAATGGCACaaaaaagcttaacattccagaat > 1:1243574/1‑220 (MQ=255) cGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGa < 2:707422/129‑1 (MQ=255) cGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGa > 1:707422/1‑129 (MQ=255) aCGAATGCGCCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGCTGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCCAAGCGAAAAACGTAACCTATGACTTCGAGCGACTGAGGGATGGGGCTAAAATGCTGAAAGGTTCAGAGTTTggg > 1:649206/1‑238 (MQ=255) tGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTCAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGCCCGAAACGGCTGGATTAATTGTTACAGGTCTGGAAGGCGCA‑ATCAACGCAAAACCCGTAACCTATGACTTCGGGCGTCTGATGGATCTCGCTCAACTCTTGAATTGTTCCGCGTTTGGTGAcgc > 1:63320/1‑239 (MQ=255) gcCCTGTTTGAAACCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGAcgcg < 2:746433/237‑1 (MQ=255) ttGAAGCCCCCCCCGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCGATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGaa < 2:841921/239‑1 (MQ=255) | TCGACGGTGGCCCGTGGCTGAAAGTTAAAAACCCGAACACTGGCAAAGAGATCGTCATTAAAGACGTGATTGCTGATGCATTCCTGCAACAGATCCTGCTGCGTCCGGCTGAATATGATGTTATCGCCTGTATGAACCTGAACGGTGACTACATTT‑CTGACGCCCTGGCAGCGCAGGTTGGCGGTATCGGTA‑TCGCCCCTGGTGCAAACATCGGTGACGAATGCGCCCTGTTTGAAGCCACCCACGGTACTGCGCCGAAATATGCCGGTCAGGACAAAGTAAATCCTGGCTCTATTATTCTCTCCGCTGAGATGATGCTGCGCCACATGGGTTGGACCGAAGCGGCTGACTTAATTGTTAAAGGTATGGAAGGCGCA‑ATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAA > NC_000913/1195895‑1196364 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |