| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,809,524 | A→C | 12.9% | T49P (ACC→CCC) | yniC → | 2‑deoxyglucose‑6‑P phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,809,524 | 0 | A | C | 12.9% | 161.3 / 2.4 | 79 | T49P (ACC→CCC) | yniC | 2‑deoxyglucose‑6‑P phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/31); new base C (3/11); total (37/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTACGCATCGATATGGTGGTCGATCTTTGGTACGCCCGGCAACCGTGGAATGGGCCAAGCCGTCAGGAAGTAGTAGAACGGGTTATTGCCCGTGCCATTTCACTGGTTGAAGAGACACGTCCATTATTACCAGGCGTG‑CGCGAAGCCGTTGCGTTATGCAAAGAACAAGGTTTATTGGTGGGACTGGCCTCCGCGTCACCA‑CTACATATGCTGGAAAAAGTG > NC_000913/1809297‑1809754 | cttttttAAAGGCTATATTATTGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATCCCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGTAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTa < 1:621891/235‑1 (MQ=255)aTTCTTTAAAGGCGATATGATAGGCGCTTAATCATAAGCACGGCTTAATACCTTACACATAATGCTCTAAAGGAGAGGTTGGAATGTCAACCCCGCGTCAGATTCTTGCTGCAATTTTTGATATGGATGGA‑TTACTTATCGACTCAGAACCTTTATGGGATCGAGCCGAACTGGATGTGATGGCAAGCCTGGGGGTGGATATCTCCCGTCGTAACGAGCTGCCGGACACCTTAGGTTTa < 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NC_000913/1809297‑1809754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |